Választási csalás, képviselőházból való kiszorítás, megszólalási lehetőségeinek csorbítása, anyagi ellehetetlenítés szegélyezték küzdelmes útját. A hatalom nyomása mellett a legelemibb anyagi gondokkal kellett megküzdenie. Ha szegényen is, de hallatlanul nagy erőfeszítéssel, bátorsággal végezte ellenzéki-politikai tevékenységét az egyre fenyegető szélsőjobboldali világgal szemben. Szinte valamennyi ellenzéki szervezettel kapcsolatot tartott, sok helyen megfordult, előadott, cikkezett, levelezett - hirdetve a demokratikus politika és társadalmi kibontakozás eszményeit. Már korán hallatta hangját a Bethlen-rendszer ellen, lapjában, az Előörsben nem véletlenül engedte közölni József Attilának "Bethlen István" című szatirikus versét. Zsilinszky hamar kiábrándult a "nemzeti-keresztény" jelszavak mögé búvó, nagybirtokvédő politikából. Vitázott Bethlennel, hevesen szembeszállt az álparlamentarizmussal, az álnacionalizmussal, az érzéketlenséggel. Különösen érzékenyen érintette a falun élők szociális helyzete, kiszolgáltatottsága, jogfosztása. Képes volt gyalog bejárni a Tisza vidékét, s felkeresni ezeket a szegényembereket. Vesszőparipája lett ezekben a bethleni években az ország valódi szociális arculatának megmutatása.
Nem véletlen "Egyetlen út a magyar paraszt" című művének kiadása sem; parasztpolitikájának summája a földreform. Sokan csatlakoztak gondolataihoz, sokan váltak társaivá: írók, újságírók, tudósok, művészek, fiatal baloldali értelmiségiek, de olyan agrárszakemberek is, mint a szegedi szegény kisbérlők bátor védője: Kerék Mihály, "A magyar földkérdés" címet viselő jelentős agrár-irodalmi alapmű szerzője. "Miért ne foghatnának össze az ellenzéki pártok azért, hogy elhárítsák egyszer s mindenkorra a diktatúra minden veszedelmét és kikényszerítsék a parlamenti demokrácia alapfeltételeit…" - írta Bajcsy-Zsilinszky az "Üzenetem a jobboldalnak" című 1935-ös cikkében, miután megvált vitézi rangjától és a baloldallal való összefogás útjára lépett. A Népszava híres, 1941. karácsonyi számában hirdette meg a nemzeti ellenállás gondolatát "Kossuth és a magyar külpolitika" című írásában. Ott volt minden demonstráción, sőt, egyik szervezője volt a '42-es béketüntetésnek.
A háború ideje alatt már a kisgazdák legtekintélyesebb személyisége, vezérszónoka, pedig pártja nem igazán állt ki mellette. "Több támogatást kapok a szociktól, mint saját pártom képviselőitől." - panaszkodott ekkortájt. De nem hátrált, pedig elég fenyegetést kapott a szélső-jobboldaltól. Nem jó szemmel nézték aktivitását, baloldali-barátságát, felhánytorgatták neki politikai múltját is. "Valamikor valóban lelkesedtem a fajvédelem gondolatáért. De csak addig, míg észre nem vettem, mi mindent nem dugdosnak e szó szárnyai alá, s micsoda égbekiáltó ostobaságok és gazságok, undok tehetetlenségek és jogosulatlan ambíciók menhelyévé válik ez a jobb sorsra érdemes eszme. Igaz, hogy a gyakorlat vizsgáján maga a fajvédelem szó is megbukott, mert túlságosan bizonytalan, túlságosan sokértelmű, túlságosan megfoghatatlan… Könnyű kimutatni, hogy magyar faj embertani értelemben nincsen, mert a magyarság többféle rasszhoz tartozik…"
Amikor pedig a "Jud Süss" antiszemita filmet először Pesten levetítették, azonnal tiltakozott: "…emberi mivoltomban és magyarságomban egyszerre éreztem magamat megsértve azért, hogy ezt a gyalázatos propagandafilmet egyáltalában játszani lehet Budapesten. Mélyen csodálkozom a filmcenzúrán, de a hatóságok nemtörődömségén is…"
Zsilinszky az üldözöttek érdekében is cselekedett. Különösen sokat fáradozott a szadista parancsnokok túlkapásait elszenvedő zsidó munkaszolgálatosok védelmében, összedolgozott zsidó-ügyekben a Magyar Izraeliták Pártfogó Irodájával, illetve segítette a Magyarországra menekült lengyeleket is. A lengyel emigráció vezetőivel kapcsolatban állva pálkövei birtokáról számtalanszor átvitorlázott a túlsó partra, hogy találkozzon a balatonboglári lengyelekkel, közbenjárjon többük érdekében.
Külpolitikai téren egyetértett a páneurópai gondolattal, történeti, emlékezetpolitikai kérdésekben pedig Széchenyi helyett Kossuthot és Adyt helyezte előtérbe. Családjuk egykori patrónusának, Tisza Istvánnak emléke kapcsán sem hallgatott. Bírálta azokat, akik Tiszát akarták eszményképnek. Adyt ajánlja követendőnek: "aki nem merült el a hanyatlás hullámaiban, hanem mindvégig fölötte szárnyalt és viharmadárként hirdette fáradhatatlanul a közelgő özönvizet… elpusztul az a nemzet, ha az élők is, köztük a politikusok is, nem Ady után indulnának…"
A Kossuth téri Tisza-szobor avatáskor is kifejtette véleményét a Szabadság-újságban: "Ez a szobor-Tisza azoké, akiknek Kossuthja ott szédeleg márványban a tér másik sarkán. És akiknek Andrássy Gyulája díszmagyarban ott lovagol a képviselőház bejárata előtt. Csak még a Pekár Gyula Petőfije hiányzik és a Kornis Gyula erényprédikátor, esernyős Széchenyi Istvánja. Akkor együtt volnának szoborban nem ezek a nagyok, akik valójában mások voltak, hanem az a kor, amely díszmagyarral, forgathatatlan álkarddal és esernyővel tudja csak szimbolizálni a maga nagyjait, s velük azt a legszörnyűbb korszakát a fölséges magyar történelemnek, mely vakon, botorul és bűnösen megásta az ezeréves magyar birodalom sírját."
"Nemcsak keresztényellenes, hanem emberellenes is minden olyan társadalmi, állami berendezés, melyben elvész, elolvad az emberi egyéniség szabadsága és önállósága." - vallja. Egy szabadabb és szociálisabb világ Bajcsy-Zsilinszky eszménye.
Vajon ma, amikor áll Bethlen, és újra áll Tisza szobra, mit szólna? Mit szólna, amikor manapság a Jud Süss újra levetíthető, s terjeszthető? Mit szólna a "centrális erőtérhez", a közmunkához, a gyermekéhezéshez, a sajtószabadsághoz, vagy a bajba jutott Népszavához, amelyben egykor ő is publikált?
"Megnehezült felettünk az idők járása." - mondogathatná újra, amikor kísértetisen hasonló folyamatok zajlanak. De biztos, sohasem adná fel aktivitását. Ezért jelentheti alakja a reményt sokak számára. Őt kellene minduntalan felidézni...