A testület neve meglehetősen megtévesztő, és nem összekeverendő az EU-s nyomásra létrehozott Integritás Hatósággal (IH), amelynek feladata a közösségi pénzek felhasználásának ellenőrzése.
Érdekesség, hogy bár mindkét hasonló nevű szervezetet az októberi antikorrupciós törvénycsomag nyomán hozták létre, és mindkettőnek majdnem azonos a feladata, akad egy nagy különbség: míg az IH – legalábbis elviekben – független a kabinettől, addig a BEII kormányzati szervezet, Navracsics Tibor területfejlesztési miniszter alá tartozik.
A Belső Ellenőrzési és Integritási Igazgatóság feladata a kormány.hu-n olvasható tájékoztató szerint többek között az uniós forrásokból állt fejlesztéseknél „az esetleges összeférhetetlenségi helyzetek” felmérése és kezelése. Míg az IH a feltárt visszásság miatt elvileg feljelentést is tesz a hatóságoknál, addig a BEII a kormány.hu-n olvasható feladatleírása szerint csak „kapcsolatot tart” a nyomozó és nemzetbiztonsági szervekkel, illetve évente beszámol az IH-nak is a működéséről. Az igazgatóság munkáját a miniszter vagy beosztottja irányítja, ám a jogszabály leszögezi, hogy
„az európai uniós források felhasználásával kapcsolatos feladatok tekintetében az igazgatót nem lehet utasítani”, azaz a BEII vezetője ilyen ügyekben teljes autonómiával jár el.
Megjegyzendő, hogy a BEII és az IH mellett már korábban is több szervezetnek kellett volna fellépnie a kormányzati korrupcióval szemben. Így a hivatalból korrupciót üldöző nemzetbiztonságon, rendőrségen és ügyészségen túl kifejezetten az uniós források védelme a feladatköre a 2010-ben, a pénzügyminisztérium berkeiben létrehozott Európai Támogatásokat Auditáló Főigazgatóságnak (EUTAF). A nemrégiben elstartolt IH egyébként ma is az EUTAF épületében működik. Az unióból pedig azt bírálták, hogy az egyik elnök-helyettes éppen az EUTAF-tól érkezett. Mint arról beszámoltunk, az IH-val az EU azért is elégedetlen volt, mert az új testület jogköre szűkre sikeredett és a vezetők kinevezése sem volt átlátható.
Olyasvalakit választottak a Korrupcióellenes Munkacsoport alelnökévé, akinek a lakcímére NER-közeli üzletember van bejelentve Fél év bizalmat adnak az új magyar korrupcióellenes testületnek