A politikai rendszerváltás előhírnökének tekintjük kutató nemzedéktársaim zömével együtt az Országos Tudományos Kutatási Alap (OTKA) 1986-os megalakulását (Láng István), ami elindította az abszolutista-kijárásos tudományfinanszírozási rendszerről a modern demokratikus országokban működő rendszerre történő áttérést. Az OTKA úttörője volt annak a folyamatnak, amely a pártbürokraták és kedveltjeik önös érdekeikkel mozgatott köréből a tudományos projektek mérlegelésének, a róluk szóló döntésnek és teljesítésük értékelésének jogát és feladatát a tudományos közösséghez rendelte. Ennek elismerése nyilvánult meg az első demokratikusan választott országgyűlés által jóváhagyott költségvetési szerkezetben. Abban az OTKA önálló fejezetként (!) jelent meg, amely felett az OTKA elnöke (akkor Andorka Rudolf) az OTKA Tanács közreműködésével rendelkezett.
1996-ban a Világbank delegációjának nyomására az Alapok felszámolása mellett döntött a kormány, így megszűnt az Országos Tudományos Kutatási Alapprogrammá átkeresztelt OTKA elkülönült fejezete is. Kiélezett vita folyt arról, hogy az OTKA mely főhatósághoz kerüljön, mely költségvetési fejezet részét alkossa. A Fodor Gábor vezette Művelődési és Közoktatási Minisztérium saját fejezetébe kívánta beolvasztani, ám a próbálkozás ellen elemi felháborodás tört ki, elsősorban az akkori kormánypártokkal szimpatizáló kutatók között. Az OTKA elveiben kifejeződő autonómiát megkérdőjelezhetetlen értékként elfogadó tudományos közösségtől támogatva Glatz Ferenc MTA-elnök elérte, hogy az autonóm Magyar Tudományos Akadémia költségvetési fejezetében önálló és nem átcsoportosítható sorként jelent meg az OTKA kutatói kezdeményezésű pályázatos projekttámogatási rendszere.
1997-ben az Országgyűlés ellenszavazat nélkül fogadta el azt az új OTKA törvényt, amely egyike lett a leghosszabb ideig minden módosítás nélkül alkalmazott törvényi szintű jogszabályoknak a magyar demokrácia eddigi történetében. A törvényszöveget Andorka Rudolf OTKA-elnök, Gilyén Elemérné OTKA-ügyvezető és Patkós András az MKM Tudományos Ügyek főosztályának vezetője - jelen sorok írója - fogalmazta. Leglényegesebb újítása a korábbi törvényhez képest a zsűrik folyamatos egyharmados tagmegújításának előírása volt, ami nagy mértékben csökkentette annak lehetőségét, hogy a döntési folyamatot egy-egy kutatói csoport kisajátítsa.
2014-es megváltoztatásáig az OTKA szakterületi kollégiumai és a tudományági zsűrik tagjaira meghatározó súllyal az MTA osztályai, illetve elnöksége tett javaslatot, az OTKA elnökére pedig az MTA elnöke javaslatát fogadta el a kormányfő. A bírálati rendszerbe egyre több tudományágban épültek be külföldi szakértők, akiknek közreműködése újabb biztosítékot adott a belterjesség ellen.
A OTKA-nak a jelenkori hivatalosságok által is elismert „kiváló hírneve” azon alapszik, hogy a rendszerében folyó tudomány-támogatási döntésekben 2014-ig a tudományos kutatás folyamatának ismeretét megkövetelő tudással egyedül rendelkező tudományos közösség autonómiája teljes mértékben érvényesült. Ezt kénytelen-kelletlen elviselték az egymást követő kormányok, ám cserébe névértéken tartották költségvetését.
2014-ben Pálinkás József, az NKFIH elnöke az OTKA függetlenségét megszüntető, szervezetét kormányzati felügyelet alá vonó lépését azzal védte, hogy az OTKA forrásai akár megduplázhatóak a kormány innovációs és technológiai fejlesztésre fordított ún. irányított kutatási-fejlesztési célú költségvetésének töredékéből. Tény, hogy a költségvetés emelése bekövetkezett, cserébe az NKFIH elnöke által meghívott kutatókból álló testületek léptek a tudományos közösség jelölését követő, rotációs rend szerint változó összetételben működő zsűrik helyére. Az NKFIH elnökének fennen hangoztatott garanciáját arra, hogy nem fog visszaélni az autonómia jogszabályi csökkentéséből adódó jogosítványaival, néhány nyilvánosan is megfogalmazott kritikától eltekintve, a túlnyomó többség tudomásul vette.
2020-ban a szakmai zsűriknek a szakértői véleményekre épített támogatási előterjesztését felülírta az ITM-miniszter, Palkovics László. Az önkényes döntés ellen tiltakozó MTA-elnökhöz írott levelében ez szerepel: “még 2014-ben éppen a Magyar Tudományos Akadémia egyik korábbi elnöke, Pálinkás József javaslatára lett az akkori OTKA iroda a Nemzeti Kutatási, Fejlesztési és Innovációs Hivatal része. Ez a változás már akkor magában hordozta annak lehetőségét, hogy a mindenkori NKFIH elnök az OTKA kollégiumok döntéseit felülbírálhatja”. Ez világossá teszi, hogy a személyes garanciák mulandóak, az autonómia 2014-es feladása valójában visszafordíthatatlan folyamatot indított el, amely mára kiteljesedett. A miniszteri nyilatkozatban emlegetett új kiválósági centrumokra adott néhány további milliárdért a kutatók várhatóan kis morgolódás után visszatérnek az egyéni kijárás, az egyszemélyi miniszteri döntések nyomán induló látvány-projektek korszakába, amelyen harminc évvel ezelőtt végleg túllépni reméltünk.
A tudomány művelésének a kutatói társadalom által átlátható, nyilvános értékeléssel párosuló mechanizmusát jelképező OTKA megnevezését a létének alapelveit tagadó miniszternek illetlen dolog szájára vennie. Az OTKA története 2020-ban véget ért, a (tudományos) rendszer visszaváltozás befejeződött. Volt 20-25 nagyszerű évünk.