A zágrábi megyei bíróság májusban felfüggesztette a tárgyalást, mert az Európai Bírósághoz fordult jogorvoslatért Hernádi ügyében. Arra a kérdésre vár választ az Európai Unió legfelsőbb igazságszolgáltatási szervétől, hogy Hernádi ügyében fennáll-e a kétszeres eljárás alá vonás tilalma, és a nemzeti érdek lehet-e kifogás az európai elfogatóparancs figyelmen kívül hagyására. Az Európai Bíróság még nem adott választ.
A per felfüggesztése ellen a horvát korrupció és szervezett bűnözés elleni ügyészség (USKOK) és Laura Valkovic, Hernádi Zsolt védőügyvédje is fellebbezett. Az ügyészség úgy vélte: nem volt szükség a tárgyalás megszakítására, és Ivo Sanader pere folytatódhat Hernádi ügyétől függetlenül (a zágrábi megyei bíróság illetékes testülete még 2015 decemberében egyesítette Sanader és Hernádi perét). Valkovic ugyanakkor azzal érvelt, hogy a megyei bíróság határozata kétértelmű és ellentmondásos volt. A legfelsőbb bíróság mindkét esetben helyt adott a fellebbezésnek, és megsemmisítette a megyei bíróság határozatát, mert szerinte a felfüggesztésre vonatkozó döntés nem volt megalapozott.
A legfelsőbb bíróság szerint az Európai Bíróság véleménye a Hernádit érintő kérdésekben csak arra ad választ, hogy a Mol-vezért a kiadják-e Horvátországnak, vagy a bíróságnak a vádlott távollétében kell ítéletet hoznia.
A horvát illetékesek még 2014-ben úgy döntöttek, hogy annak ellenére, hogy a magyar hatóságok már lefolytatták Hernádi Zsolt ellen a vizsgálatot a horvát vádakkal kapcsolatban, és felmentő ítéletet hoztak, az nem befolyásolja a Mol elnöke-vezérigazgatója elleni horvátországi eljárást.
Hernádi Zsolt ellen 2013 októberében adott ki európai elfogatóparancsot a horvát rendőrség. Neve felkerült az Interpol vörös, legmagasabb fokozatú körözési listájára is. Véglegesen csak 2016 novemberében került le róla, mivel a szervezet elutasította a horvátoknak azt a kérését, hogy újítsák meg a cégvezető ellen kiadott elfogatóparancsot.
A USKOK szerint a Mol vezetője 2008 és 2009 között tízmillió euró kenőpénzt adott át Ivo Sanader akkori kormányfőnek azért, hogy a Mol megszerezhesse az INA horvát olajipari vállalat irányítási jogait. A Mol Nyrt. és Hernádi Zsolt visszautasította a vádakat, leszögezve, hogy soha nem korrumpáltak egyetlen politikust sem, és nem adtak kenőpénzt az INA irányítási jogainak megszerzéséért sem.
Az ügyben Horvátország korábban már a Nemzetközi Kereskedelmi Jogi Bizottsághoz (UNCITRAL) fordult, amely 2016. decemberi döntésében Horvátországnak a vesztegetésre, a társaságirányításra, valamint a 2003-as részvényesi megállapodás állítólagos megszegésére vonatkozó valamennyi kérelmét elutasította. Horvátország ennek ellenére idén januárban közvetlenül a magyarországi igazságügyi szerveknek küldte el a Hernádi Zsolt ellen kiadott európai elfogatóparancsot, és továbbra is büntetőpert folytat ellene.
A magyar Külgazdasági és Külügyminisztérium (KKM) még szeptemberben közölte, hogy Magyarország nem támogatja Horvátországnak a Gazdasági Együttműködési és Fejlesztési Szervezethez (OECD) beadott csatlakozási kérelmét a Mol horvátországi beruházása körül kialakult helyzet, valamint a Mol vezetőjével szembeni horvát eljárás miatt.