A háborús bűnökért felelősségre vont Milosevics tíz éve, 2006. március 11-én hunyt el. Milosevic Jugoszlávia, majd Szerbia-Montenegro elnöke a Hágai Törvényszék börtönében szívroham következtében hunyt el. Koszovóban és Horvátországban elkövetett háborús és emberiesség elleni bűnökkel, valamint Bosznia-Hercegovinában elkövetett népirtással vádolták. 2001. április 1-jén Milosevicet Belgrádban letartóztatták, majd 2001 júniusában Hágába szállították. Pere 2002. február 12-én kezdődött a Hágai Nemzetközi Törvényszéken.
Kezdetben önmagát védte, de később – egészségi állapota romlásával – ügyvédek csoportja vette át a védelmet. A délszláv háború alatt a szerbek által elkövetett háborús bűntettek egyik fő felelőse volt, Radovan Karadzic és Ratko Mladic mellett. Több mint 60 vádpontban folyt ellene eljárás, de a tárgyalás nagyon lassan haladt a tanúk hitelessége kapcsán felmerült kételyek miatt, így négy év sem volt elegendő az ítélethirdetéshez.
Mivel az állami és a városi hatalom nem teljesítette a család és a Szerbiai Szocialista Párt (SPS) kérését, és nem adott engedélyt arra, hogy Milosevicet Belgrádban állami tiszteletadás mellett temessék el, felesége, Mirjana Markovic pozarevaci családi házának kertjében helyezték örök nyugalomra. Tisztelői minden évben ellátogatnak a sírjához halála évfordulóján, az idén többen voltak, mint tavaly.
