A változások nyomán átalakul az Országos Tisztifőorvosi Hivatal (OTH), a Gyógyszerészeti és Egészségügyi Minőség- és Szervezetfejlesztési Intézet (GYEMSZI) szervezeti struktúrája, és elkezdi működését az Állami Egészségügyi Ellátó Központ (ÁEEK). Többletfeladatokat kap az Országos Egészségbiztosítási Pénztár (OEP), megalakul - két intézmény összevonásával - az Országos Gyógyszerészeti és Élelmezés-egészségügyi Intézet, míg az Országos Igazságügyi és Orvostani Intézet feladatait a Semmelweis Egyetem veszi át.
Megmarad - mint középirányító szerv - az OTH, de a korábbi kilenc háttérintézménye helyett a jövőben négy fog tevékenykedni. Az OTH háttérintézményeként jön létre az Országos Közegészségügyi Központ, amelyhez a környezet- és település-egészségügy, a sugáregészségügy, valamint a kémiai biztonság tartozik. Integrálódik az Országos Kémiai Biztonsági Intézet, az Országos "Frédéric Joliot-Curie" Sugárbiológiai és Sugáregészségügyi Kutató Intézet, valamint az Országos Környezetegészségügyi Intézet.
Szintén az OTH háttérintézményeinek integrációja útján jön létre a Nemzeti Egészségfejlesztési Intézet, az Alapellátási Intézetnek és az Országos Gyermekegészségügyi Intézetnek az Országos Egészségfejlesztési Intézetbe történő beolvadásával. A Nemzeti Egészségfejlesztési Intézet módszertani intézetként és egészségfejlesztési szolgáltatási központként látja el feladatait.
Az országos intézetek egymással való együttműködését az OTH megerősített koordinatív hatáskörrel látja el, és megmarad az Egészségügyi Készletgazdálkodási Intézet (EKI), amely az OTH középirányítói jogkörébe kerül. Az összeolvadások az államtitkárság szerint szükségszerűen jelentik a párhuzamosságok megszüntetését és a profiltisztítást, de az átalakítás során az alapvető feladatok elvégzése nem sérül, és a folyamatos működés fenntartása, a kötelező állami feladatok ellátása is prioritás.
A Gyógyszerészeti és Egészségügyi Minőség- és Szervezetfejlesztési Intézetből (GYEMSZI) létrejön az Állami Egészségügyi Ellátó Központ (ÁEEK), amely kizárólag a fenntartói, az állam tulajdonosi joggyakorlási funkciókra összpontosít. A hatósági feladatokat a háttérintézményi rendszer más szereplőinek adják át. Többletfeladatokat kap az egészségbiztosítási pénztár, az OEP felhatalmazást kap a közfinanszírozott egészségügyi szolgáltatások ellátásszervezésére és kontrolljára, de ide tartoznak az ágazati adatszolgáltatási, informatikai fejlesztési teendők is, valamint az egészségbiztosító vesz át egyes, az egészségügyi finanszírozás területéhez kapcsolódó feladatokat. Új, önálló szervezetként jön létre az Országos Gyógyszerészeti és Élelmezés-egészségügyi Intézet (OGYÉI), amely az Országos Gyógyszerészeti Intézet és az Országos Élelmezés- és Táplálkozástudományi Intézet (OÉTI) összeolvadásával alakult meg.
Az eddig a GYEMSZI által ellátott technológiaértékelési feladatok (a társadalombiztosítási támogatásba való bevonásokkal kapcsolatos kutató és előkészítő feladatokkal együtt) szintén átkerülnek az OGYÉI szervezetébe. Az átalakulások részeként létrejön az Egészségügyi Nyilvántartási és Képzési Központ (ENKK). Ennek létrehozásával megvalósulhat az ügyintézéssel járó terhek csökkenése, az ügyfélbarát szolgáltatás nyújtása, a teljes körű tájékoztatás biztosítása, az elektronikusan intézhető ügyek körének bővítése.
Az Országos Igazságügyi és Orvostani Intézet (OIOI) feladatait a Semmelweis Egyetem veszi át, az Országos Vérellátó Szolgálat (OVSZ) az ÁEEK-hez kerül, de továbbra is kiemelten kezeli az országos vérellátást megtartva önálló költségvetési jogállását. Az Országos Betegjogi, Ellátottjogi, Gyermekjogi és Dokumentációs Központ (OBDK) a struktúraátalakításban több feladatot kap, az intézet veszi át a GYEMSZI-től a minőségügyi szakfőorvosi rendszer működtetését.
