A 24 táblaképpel - az ünnepi oldalon Keresztelő Szent János legendájának, a hétköznapin Mária életének ábrázolásával -, a szekrényben Szűz Mária, Szent Péter és Keresztelő Szent János életnagyságon felüli szobraival, a szekrényfeleken vértanú szüzekkel és az oromzatban további szobrokkal díszített oltár készítése bizonyára hosszú éveket, sőt évtizedeket vett igénybe.
A kisszebeni főoltár 1909-ben került a Szépművészeti Múzeum gyűjteményébe, ahol 1928-ban felállították a múzeum Márvány Csarnokában. A II. világháború idején, Budapest bombázásakor, 1944-ben az oltárt szétbontották és a múzeum pincéjében helyezték el.
A legrosszabb állapotban lévő táblaképek és szobrok állagmegóvása 1945 után azonnal elkezdődött. 1954-től 11 táblakép alapos restaurálása, a barokk átfestések eltávolítása is megtörtént. Az oltár szétszedett darabjait 1973-ban hozták szállítható állapotba, és átadták a Magyar Nemzeti Galériának.
A helyreállítás az 1980-as évek végén folytatódott, 1991-ben történt meg a teljes anyag restaurátori és művészettörténeti felmérése, az 1990-es évek végéig a szobrok nagy részének és a Szentháromságot ábrázoló táblaképnek a helyreállítása folyt.
Nemrégen fejeződött be "A világ teremtése" jelenet restaurálása, mely most látható először a barokk átfestés eltávolítása után. 2002 és 2013 között több minisztériumi és NKA pályázat anyagi segítségével sikerült az építészeti részek és a predella helyreállítását elvégezni.
A hosszú évtizedek óta restaurálás alatt álló oltáron több mint 30 restaurátor és munkatársaik dolgoztak. A jelenleg még nem látható részek restaurálása a következő években tovább folytatódik. A tervek szerint 2015 őszre az oromzat restaurálása is befejeződik.