Szociális érzékenysége nagypolgári környezetének egyenes következménye lett. Apja Müller Jenő ügyvéd, a polgárosodó zsidó típus megtestesítője volt, aki asszimilálódó zsidóként igyekezett a magyar társadalomba - felekezete megtartása mellett - beépülni. Kézenfekvőnek tűnt, hogy a szépreményű Miklós, apja irodáját átvéve, akár a takarékpénztári állását is megkaphatja. A család számára természetesnek tűnt a jogi egyetem megcélzása, de előtte a szegedi piarista gimnáziumba járt. Az iskolát kifejezetten utálta és folyamatosan érezte azt a diszkriminizációt, amit a papok alkalmaztak a zsidó gyerekekkel szemben. A "bar micvah" alkalmával Müller Miklós megkapja élete első, jövőjét meghatározó fényképezőgépét.
A szegedi Ferenc József Tudományegyetem joghallgatója lett, ahol a vizsgákat könnyedén abszolválta. A jövőt egyre sötétebbnek és fenyegetőbbnek látta, de apjának megígérte, hogy elvégzi az egyetemet. A mindenüket elvesztett emberek nyomorúságát apja ügyvédi irodájának ügyei kapcsán ismerte már. Ebben a környezetben készültek első komolyabb
szociofotói. Közben rádión hallgatta a Berlinben történő eseményeket és rémülten figyelte az Unter den Linden sugárút százezres tömegének lelkes "Sieg heil" kiáltásait.
Egy barátja meghívására néhány hónapra 1933-ban Bécsbe ment, ahol állást kapott egy kis fotóügynökségnél, az "International Photo Service"-nél. Az ügynökség legjobb kuncsaftja az Österreichische Woche, - a kormány hivatalos lapja - volt, így Müller olyan személyekkel és eseményekkel került kapcsolatba, akik az akkori idők történelmének alakítói voltak.
Aztán jött Bécsben a rövid , de véres polgárháború 1934 februárjában, ami visszakényszerítette Müllert a szegedi egyetemre. Ebben az időben kezdődött barátsága Radnóti Miklóssal. Az ő ajánlásával léphetett be a "Szegedi Fiatalok Művészeti Kollégiumába", ahová Ortutay Gyula és Buday György is tartozott. 1936-ban apja végül is belátta, hogy fiának nincs jövője Magyarországon. Először felengedte Budapestre, ahol jelöltnek lépett be egy jó nevű ügyvédi irodába, de inkább a fényképezéssel töltötte idejét. Radnóti, Ortutay és más barátok már Budapesten laktak és rajtuk keresztül megismerte azokat, akik az irodalmi és művészeti életben számítottak. Képei, amelyeket korábban készített azokról a munkásokról, akik a Tisza töltését építették, feltűnést keltettek. A jó nevű Athenaeum kiadó egy könyvsorozatot készített a magyar paraszti életről és kevés pénzért, ugyan, de Müllert szerződtették a sorozat illusztrálására. Az első kötet Féja Géza "Viharsarok" című műve volt. A könyv címlapja Müller egy meztelen felsőtestű mezei munkást ábrázoló képe lett, amint talicskát tol. A könyv szenzációt keltett, felkorbácsolva az emberek lelkiismeretét. A Parlamentben interpelláció hangzott el a fotó miatt, a jobboldal azt követelte, hogy kobozzák el a könyvet, hazafiatlansága miatt. Féját viszont elítélték. Veres Péter a Gondolat 7-8-as számában hasábokon keresztül védte Müller képét. Az Athenaeum tovább folytatta a sorozatot, amit továbbra is Müller képeivel illusztráltak.
1938-ban Hitler bécsi bevonulása után Müller nem várt tovább. Egy kis ládával, egy bőrönddel és a fényképezőgépével elkezdte tíz éves vándorlását. Emigrációja első állomására Franciaország volt. Tihanyi Lajos, a süketnéma festő (André Kertész és Brassai barátja) azonnal mozgósította barátait Müller érdekében. Publikálták képeit a Regards-ban. A Dome-ban ismerkedett össze Capával, a Flore kávéházban pedig Picassóval és Dora Maarral. Picasso megnézte a képeit és kiválasztott hármat, hogy megvegye. Müller nem akart pénzt elfogadni és zavarában nem jutott eszébe, hogy megkérje Picassot, rajzoljon valamit a képek ellenértékeként.
1938 őszén Párizsban már háborús riadalom uralkodott, de a Marianne Magazinnál Lucien Hervével állandó megbízást szereztek a hetilap minden számára. Hervé írta, Müller fotózta a riportokat. A háború közelsége Müllert arra kényszerítette, hogy azzal foglalkozzon, hogyan tudja megmenteni a bőrét. Müller nem vágyott hősi szerepre, inkább szerzett a Marianne Magazintól egy megbízást arra, hogy Portugáliában csináljon riportokat. Vett egy hatalmas hátizsákot, egy összecsukható széket, fogta a bőröndjét és 1939. szeptember 3-án elindult Portugáliába, ahová csak apja közbenjárásával tudott belépni, és akinek Rotary Klub tagsága segített a papírok beszerzésében. A Salazar kormány propaganda minisztere Antonio Ferro szabadjegyet adott neki a portugál vasutakra, így riportokat és fényképeket is tudott készíteni. Aztán egy szép napon minden magyarázat nélkül lecsukták és egy hétig fogva tartották, majd közölték vele, hogy 15 napon belül hagyja el az országot. Elutazása előtt még gyorsan kikeresztelkedett. Panziójának tulajdonosnője volt a keresztanyja. Marokkó, pontosabban Tanger következett. Különös státuszú nemzetközi város volt, ahol a hatalom a legfőbb muzulmán hatóság, a Mendoub mellé akkreditált diplomáciai képviseletek vezetői kezében összpontosult. Müller számára az első napok Afrika földjén egész munkásságára kiható élményt jelentettek.
A Tangerban töltött hét év volt élete legboldogabb időszaka. Beajánlották a tetuáni főkapitányságra, ahol részt vett egy csendőrségi fotóarchívum létrehozásában. Szobája ablakából nézte végig Gibraltár bombázását és a kikötői robbantásokat. Aztán megkeresték Madridból, marokkói fotóiból az Africa című folyóiratban akartak közölni, és megbízták két, a spanyol protektorátusról szóló könyv elkészítésével is. 1944-ben, amikor kész lett a könyvek anyagával Madridba hívták, de ahogy Müller fogalmazott: "Létrejött két bemutathatatlan könyv".
Itt ismerkedett meg Linával, egy Fülöp-szigeti lánnyal, aki három hét múlva Tangerban hozzáment feleségül és négy gyermekének anyja lett. Tangert 1947-ben váltotta fel Madridra, s ekkor határozta el, hogy új - immár végleges - hazát választ. A Serrano utcai Stúdióban a nyolcvanas évekig dolgozott, míg át nem adta lányának, Anának.
Harminc évig művészek fotósa volt, hét könyve jelent meg Spanyolországról, ami önmagában is egy életmű.