A szovjet hírszerzésnek dolgozott Kirill, Moszkva és egész Oroszország pátriárkája az 1970-es években, amikor Svájcban élt – áll a svájci rendőrség titkosítás alól feloldott és a sajtó számára hozzáférhetővé tett archívumaiban. A Le Matin Dimanche és a Sonntagszeitung című svájci lap által idézett, az 1970-es években írt rendőrségi dokumentum szerint a Kirill őexcellenciája (Monsignore Kirill) néven említett pátriárka „a KGB-hez tartozik”. Kirill az 1970-es években a moszkvai patriarkátust képviselte az Egyházak Világtanácsának (WCC) genfi székhelyén, és a svájci rendőrség szerint Mihajlov fedőnéven az volt a feladata, hogy befolyásolja a szervezetet.
A tanácsba a hatósági dossziék szerint a hetvenes és nyolcvanas években a KGB több embere beszivárgott. A szovjet hírszerzés célja az volt, hogy csitítsák a Szovjetunióban tapasztalható vallásüldözés miatti bírálatokat, és a szervezet az Egyesült Államokat és szövetségeseit kritizálja inkább. Míg az orosz ortodox egyház nem volt hajlandó kommentálni a hírt, az Egyházak Világtanácsa részéről annyit közöltek, nem kaptak az ügyről semmilyen tájékoztatást.
Kirillt unokaöccse, Mihail Gungyajev követte genfi posztján, aki a Le Matin Dimanche című svájci lapnak adott interjújában leszögezte: nagybátyja nem volt ügynök, bár a KGB „szigorú ellenőrzése” alatt állt. – Ez nem befolyásolta elhivatottságát a más egyházakkal közösen végzett ökumenikus tevékenység iránt – tette hozzá az unokaöcs. Kiemelte, hogy nagybátyja megszerette Svájcot és később is többször visszatért az országba, a lap pedig hozzátette, hogy a pátriárka legalább 43 alkalommal járt Svájcban.
Kirill pátriárka 2019-ben, a WCC vezetőjével, Jean-René Fournier-vel Moszkvában folytatott megbeszélésein maga is kitért arra, hogy a világ összes országa közül valószínűleg a legtöbbször Svájcban járt, amelyet különösen szeret.
2022 júniusában az Orbán-kormány vétófenyegetéssel érte el, hogy több orosz közéleti személyiségtől eltérően az Európai Unió ne sújtsa beutazási tilalommal és vagyonbefagyasztással Kirill pátriárkát az Oroszország által Ukrajna ellen indított háború miatt. Svájc nem EU-tagország, a schengeni övezetnek azonban tagja.
Teljesítették Orbán Viktor követelését, a háborús uszító Kirill pátriárkát levették az uniós szankciós listáról