Az 1860. március 2-éről 3-ára forduló éjszakán a bécsi titkosrendőrség házkutatást tartott a döblingi (bécsi) Georgen Elmegyógyintézetben. Politikai összeesküvést szimatoltak, ezért az 1848. szeptemberétől az intézetben lakó Széchenyi István iratait elkobozták. Ugyanezen az éjjelen nem csak Széchenyinél, hanem fiainál és legközelebbi munkatársainál is megjelentek a rendőrök, és nagy mennyiségű iratot, főleg leveleket foglaltak le. De így járt az intézet tulajdonos-főorvosa, Gustav Georgen és felesége is. Az összeomlása után 1856-tól újra aktivizálódó Széchenyi „lelepleződött”, s mindezért önmagát tartotta felelősnek. A rendőrségi fellépéstől vélhetően nem függetlenül 1860. április 7-ről 8-ára virradó éjszaka agyonlőtte magát.
A házkutatás során a Széchenyi által 1814-től 1848 szeptemberéig rendszeres vezetett, majd 1859-ben újrakezdett naplóit is lefoglalták. A német nyelvű feljegyzések döntő részét, más irataival együtt nem sokkal később a rendőrség visszaadta özvegyének. Kivéve az 1848. március 19. és szeptember 4. közötti naplók három kötetét és az 1859-60-as feljegyzéseket. Széchenyi naplójának ezen részeire csak az első világháborút és a Monarchia széthullását követően talált rá Károlyi Árpád a bécsi Staadt-Archivban, s a trianoni szerződés alapján 1926-ban kerültek vissza Magyarországra. Ironikus módon a rendőrségi lefoglalásnak köszönhető, hogy Széchenyi naplófeljegyzéseinek ez a része csonkítatlanul maradt ránk.
A visszaszolgáltatott naplók ugyanis Széchenyi akaratához híven titkárához, Tasner Antalhoz kerültek. Tasner 1833-tól haláláig volt Széchenyi legbizalmasabb munkatársa, az összes iratát ő kezelte, de titkáraként alteregójának is tekintették. 1833-ban kelt végrendeletében Széchenyi eredetileg barátjára, Wesselényi Miklósra hagyta naplófeljegyzéseit, ám 1835-ben ezt a pontot kitörölte, s egy 1841-es kiegészítésben Tasnerre hagyta őket. Még 1839-ben is azt kérte titkárától, hogy naplóit olvasatlanul égesse el: „Minden irományaim 's papírjaim önnek discretiójára maradnak; csak a napló könyveimet, mellyek bagaria bőrbe kötvék 's lakatokkal
ellátvák, kívánom elégettetni; és ezt önnek lelkére kötöm. Tartalmuk egészen érdektelen, 's csak előttem érthető; de emellett még is comporoimittálhatna sokakat, – mikép nem kétlem: teljesíteni fogja ön végső kívánatomat." (Széchenyi István: Napló. Osiris Kiadó, 2002) Ám Tasner utóbb meggyőzte, hogy maradjanak meg a naplók; Széchenyi azzal a feltétellel egyezett ebbe bele, hogy a politikailag és magánéletileg kényes részeket titkára törli. Így is történt, Széchenyi halála után a már beteg Tasner végigolvasta a naplót és jelentős részét megsemmisítette egy írástudatlan szolgája segítségével, aki a Tasner által megjelölt részeket fekete tussal olvashatatlanná tette, illetve a kivágott részeket gyertyánál elégette. Tasnernek köszönhető tehát, hogy Széchenyi naplója csonkítva ugyan, de megmaradt. Az Oltványi Ambrus szerkesztette 1200 oldalas Osiris-kiadvány e naplónak mindössze az egyharmadát tartalmazza.