Andrej Babis cseh miniszterelnök nem sokáig reménykedhetett abban, hogy a Csehország és Oroszország között kialakult diplomáciai botrányból politikai tőkét kovácsolhat az októberben esedékes választások közeledtével. Az Európai Bizottság ugyanis nyilvánosságra hozta azt a jelentését, amelyből egyértelműen kitűnik, hogy Babis korábbi cége, az Agrofert a miniszerelnök státuszával összeférhetetlen módon jutott európai uniós támogatáshoz. A brüsszeli testület azért közölte dokumentumát angol és cseh nyelven, mert Babis eddig még nem tett eleget a 2019-es számvevőszéki jelentés ajánlásainak.
Utóbbi szerint Babis egyértelműen összeférhetetlenséggel vádolható, mert olyan vagyonkezelői alapokat irányít, amelyekbe saját vagyonát fejtette be. Az Agrofert indokolatlanul kapta meg a 2017. február 9. óta folyósított több százmillió eurós támogatást.
A dokumentum közzétételét követően Babis a CTK állami hírügynökségnek elmondta azt, amit már oly sokszor: a cége ellen indított vizsgálatot manipulálták, s a legerősebb ellenzéki politikai erő, a Kalózpárt „besúgói” állnak mögötte. Babis legfőbb érve az, hogy már nincs befolyása az Agrofertre, mivel lemondott a vezetéséről. Az Európai Bizottság azonban ezt egészen másként látja. Eszerint mivel a miniszterelnök nevezte ki a csoport mögött álló vagyonkezelői alapban lévő személyeket, ebből következően Babis az Agrofertet is irányítja, s a miniszterelnöknek „közvetlen gazdasági érdeke fűződik az Agrofert sikeréhez”. A jelentés hozzáteszi, hogy az összeférhetetlenség nyilvánvaló, hiszen Babis maga döntött a saját (szerinte csak volt) cégét érintő uniós támogatásokról. Brüsszel ezért kimondja: a Cseh Köztársaságnak vissza kell fizetnie azokat a támogatásokat, amelyeket az Agrofert az Európai Vidékfejlesztési Alaptól és az Európai Szociális Alaptól vett fel az említett időpont, vagyis a cseh összeférhetetlenségi törvény hatályba lépése után. Amennyiben a prágai kormány nem ért egyet a jelentésben foglaltakkal, akkor az Európai Unió Bíróságához fordulhat.
Az Európai Bizottság 2018-ban, a Transparency International kezdeményezésére kezdte meg a vizsgálatokat a cseh miniszterelnök cégével kapcsolatban. A könyvvizsgálói jelentés 2019 végén készült el, de mivel Prága és Brüsszel azóta is folyamatosan vitában állt annak tartalma miatt, a Bizottság egészen idáig nem hozta nyilvánosságra a szöveget. Több cseh médium azonban közzétette a legfőbb megállapításokat, kiemelve, hogy a Cseh Köztársaságnak 400 millió koronás, 15 és fél millió eurós uniós támogatást kellene visszafizetnie. Babis korábban többször is azt mondta, hogy Prága semmit sem fog visszafizetni. Ugyanakkor az Agrofertnek nyújtott agrártámogatásokkal kapcsolatban egy második uniós ellenőrzés is folyik.
Babis kormányát tehát újabb csapás érte, nem sokkal azután, hogy a kommunisták néhány hete bejelentették, nem támogatják tovább az Ano és a szociáldemokraták alkotta koalíciót. A kisebbik koalíciós partner szociáldemokraták nemrég újraválasztott vezetője, Jan Hamácek miniszterelnök-helyettes nem okozott különösebb meglepetést. Elmondta, hogy vissza kell fizetni az uniós támogatást, ettől függetlenül pártja nem kíván kilépni a kormányból, mert „nem akarja veszélyeztetni az ország stabilitását” öt hónappal a parlamenti választás előtt. Szerinte a jelenlegi kormány hivatalban maradása jobb megoldás annál, mintha szakértői kabinet alakulna és annál is, hogy ha a Kalózpárt alakíthatná meg az új kabinetet.
Az ellenzék mindegyik pártja a támogatás visszafizetésére szólította fel a miniszterelnököt. Petr Fiala, a Polgári Demokrata Párt (ODS) elnöke szerint elfogadhatatlan lenne, hogy a cseh adófizetők térítsék meg a kormányfő üzelmeit. A választáson együtt induló Kalózpárt és Stan liberális szövetség a törvénysértés megszüntetésére szólított fel. Mikulás Peksa, a Kalózpárt európai parlamenti képviselője rámutatott, az Európai Bizottság megerősítette azt, amit már egy éve is elmondtak az Európai Parlamentben, miszerint nyilvánvaló a miniszterelnök összeférhetetlensége. „Andrej Babis történelmi tettet hajtott végre, sajnos nem pozitív értelemben. Először hozott nyilvánosságra az Európai Bizottság egy miniszterelnök összeférhetetlenségével kapcsolatos ellenőrzési vizsgálatot. Ez is azt jelzi, hogy ez a kérdés milyen alapvető jelentőségű Brüsszel számára” – mutatott rá Tomás Zdechovsky, a kereszténydemokraták EP-képviselője.
