Hansi Flick 2019 novemberében lett a Bayern München labdarúgócsapatának vezetőedzője. Az együttes korábbi másodedzőjét Niko Kovac menesztése után eredetileg ideiglenes jelleggel nevezték ki, ameddig megtalálják a megfelelő szakembert a kispadra. Flickkel azonban egymásután aratta a győzelmeket a bajor klub, a játékosok is nagyon kedvelték, ezért 2019. december 22-én már azt jelentették be Münchenben, hogy Flick a bajnokság végéig marad, 2020. április 30-án pedig 2023. június 30-ig érvényes szerződést írtak alá a trénerrel. A müncheniek korábbi játékosa káprázatos eredménysorral hálálta meg a bizalmat, mindent megnyert csapatával – klubvilágbajnokság, Bajnokok Ligája, európai Szuperkupa, német Szuperkupa, bajnokság, Német Kupa –, amit lehetett.
A bajnoki cím minden bizonnyal idén is összejön a Bayernnek, hét fordulóval a bajnokság vége előtt hét pont előnnyel vezet az együttes, a Német Kupában elődöntős a csapat. A Bajnokok Ligájában a negyeddöntőben szerdán hazai pályán 3-2-re kikapott a müncheni alakulat a PSG-től, de még a párizsiak is nagyon óvatosan nyilatkoznak a továbbjutási esélyeikről a jövő keddi visszavágó előtt.
Flicket szereti a sajtó, szeretik a játékosok, mégis elképzelhető, hogy a klubon belüli konfliktusok miatt nyáron távozik a BL-címvédőtől. A sport1.de beszámolója szerint annyira megromlott a viszony Flick és Hasan Salihamidzic sportigazgató között, hogy a felek már csak akkor kommunikálnak egymással, ha ez feltétlenül szükséges. A portál értesülését ugyan a bajor klub a hét közepén cáfolta, de egy nappal később azt jelentették be a müncheniek, hogy Flick és Salihamidzic az egyesület érdekeit szem előtt tartva dolgoznak együtt a további sikerekért. Ilyen bejelentésre nincs szükség, ha minden harmonikusan működik.
A viszony Jerome Boateng miatt romlott meg: Flick a lapokból tudta meg, hogy a Bayern vezetése nem akarja meghosszabbítani a korábbi válogatott védő nyáron lejáró szerződését. Az egyesület irányítói döntésüket azzal indokolták, hogy Boateng sokat volt sérült az elmúlt egy-két évben, aminek következtében lelassult, nem tudja megfelelően segíteni a csapatot céljai elérésében. Flick a sportigazgatón kérte számon, miért hagyták ki ebből a döntésből.
„El tudom fogadni a klub érveit, de Jerome tett annyit a Bayern Münchenért, hogy ne a lapokból értesüljön erről a döntésről és az sem lett volna baj, ha nekem is szól valaki, amikor ez hivatalossá vált” – mondta a tréner Sport1 német sporttelevízióban, amikor megkérdezték a véleményét Boateng esetéről.
Flick nyilatkozata után több bírálatot kapott házon belül, Salihamidzic mellett Uli Hoeness, a klub tiszteletbeli elnöke is nehezményezte, hogy a szakember a klubot rossz színben tüntette fel. Erre Flicknek az volt a válasza, hogy őt is lejáratták, mert a tudta nélkül született döntés az egyik játékosának a sorsáról.
A Bayern München a PSG elleni BL-negyeddöntő napján jelentette be, hogy immár hivatalos, Boateng a nyáron elhagyja a klubot. Flick azt kérte, ezzel a bejelentéssel várják meg az oda-visszavágós párharcot, mert nem akarta, hogy bármi más téma elvonja a játékosok figyelmét ezekről a mérkőzésekről.
A tréner külön csatába bonyolódott Uli Hoenesszel is. Hoeness volt a szakértő a magyarokkal egy Európa-bajnoki csoportban szereplő német válogatott világbajnoki selejtezőin. A németek az Eb előtti utolsó vb-selejtezőjükön hazai pályán 2-1-re kikaptak Északmacedóniától. A találkozót közvetítő RTL német televízió a lefújás után azt kérte Hoenesstől, hogy írja fel egy táblára azoknak a játékosoknak a nevét, akiket ő szívesen látna a német Eb-keretben. A Bayern elöljárója a nemzeti csapatból 2019 tavaszán kitett Thomas Müllert és Mats Hummelst beírta a keretbe, ám a szintén két éve kegyvesztetté vált Boatenget nem.
„Jerome már nem tudna segíteni a válogatottnak, nem képes olyan szinten teljesíteni” – indokolt Hoeness a televízióban.
Amikor Flick kérdőre vonta Hoenesst, jelezve, hogy egy ilyen kijelentés nagyon rosszul érinti a játékost, azt a választ kapta, hogy a Bayern Münchenen belül van egy hierarchia, amit mindenkinek el kell fogadni. Lentről fölfelé nincs lehetőség számonkérésre.
A tréner arra az újságírói kérdésre, hogy marad-e a müncheniek vezetőedzője a szerződése lejártáig, azt a választ adta, ez a téma jelenleg nem aktuális. A sport1.de úgy tudja, Flicknek az volta terve, hogy 2023-ig marad a klubnál, de rossz hangulatban nem tud és nem akar dolgozni. Ha nem sikerül rendezni a viszonyát a feletteseivel, akkor idén nyáron minden bizonnyal elhagyja a klubot.