Az Európai Unió úgynevezett élőhelyvédelmi irányelve és madárvédelmi irányelve szerint a tagállamoknak hatévente fel kell mérniük a két irányelvben említett élőhelyek és fajok helyzetét, és helyzetük változásának trendjeit. A szövetségi természetvédelmi minisztérium szervezésében az utóbbi hatéves ciklusban (2013-2018) a Balti-tengertől az Alpokig csaknem 14 ezer adatfelvételt végeztek az ország szárazföldjének 15,5 százalékát és felségvizeinek 45 százalékát kitevő védett - az úgynevezett Natura 2000 hálózathoz tartozó - területek állapotáról.
Kimutatták, hogy a kedvező helyzetű élőhelyek és fajok aránya az utóbbi három ciklus alatt nemigen változott - az élőhelyek esetében 33 százalékról 30 százalékra süllyedt, a vizsgált védett fajok esetében pedig stabilan 25 százalékos -, a kedvezőtlen vagy rossz helyzetben lévő élőhelyek és fajok aránya viszont folyamatosan növekedett.
A legutóbbi ciklus végére a kedvezőtlen helyzetben lévő védett élőhelyek aránya elérte a 32 százalékot, a rossz helyzetben lévőké 37 százalékra emelkedett. Leginkább a mezőgazdasági termelésbe bevont területeken fekvő élőhelyeket fenyegeti veszély, de a tengeri területek és tengerpartok 40 százaléka és az erdők bő 30 százaléka sincs jó állapotban, a gleccserek pedig kivétel nélkül mind a megszűnés folyamatában vannak.
A védett állatfajokat tekintve sem sokkal jobb a kép. Az északi-tengeri kúpos fókától az Alpokban élő kőszáli kecskéig valamennyit együttvéve a fajok 30 százalékánál kedvezőtlen helyzetben van az állomány, 33 százalékánál pedig rossz helyzetben. Főleg a lepkék, a bogarak és a szitakötők vannak veszélyben, ugyancsak a mezőgazdasági termelés következtében, 10 védett rovarfaj közül 7-et fenyeget a kihalás.