A Vatikán Titkos Levéltárát megannyi legenda övezi. Különösen Dan Brown A Da Vinci-kód, illetve az Angyalok és démonok című műve sugallta azt, hogy a Szentszék archívuma valamilyen misztikus hely, ahol szupertitkos információkat őriznek.
A vatikáni archívum rejtelmessége a „titkos” elnevezésre vezethető vissza. Ez a szó arra utal, hogy kezdetben nem nyilvános, hanem a pápák házi magánlevéltáraként működött. Miért nem vált hozzáférhetővé mind a mai napig a teljes anyag? A politikai érv az volt, hogy a katolikus egyházzal is megannyi rossz dolog történt a világban, s ha a levéltári anyagokat kutathatóvá teszik, akkor olyanok is betekintést nyerhetnek a dokumentumokba, akik ellenséges célra kívánják felhasználni.
A levéltár bizonyos tekintetben egyidős a pápasággal, hiszen már az első egyházfők is félretették a fontosabb leveleket, dokumentumokat, igaz, ekkor még tudatos rendszerezésről szó sem volt. Az első századok gyűjteményében elsősorban a mártírok szenvedéseiről, a lassan kialakuló egyházszervezetekről, illetve az egyházi vezetés fontosabb intézkedéseiről szóló feljegyzések, voltak megtalálhatóak. .
Valójában az 1198-ban trónra lépő Ince pápával kezdődött az Apostoli Könyvtár és Archívum története. Ekkortól kezdték rendszerezni a különféle dokumentumokat. Erre azért is szükség volt, mert sok olyan anyagnak veszett nyoma, amelyekre időnként szükség lett volna.
A pápai archívum folyamatos gazdagodása a hívek és a pápaság különleges viszonyára is visszavezethető. A katolikusok megannyi kéréssel fordultak az egyház fejéhez, számos levéllel bombázták, amiket aztán el is helyeztek az archívumban. Feljegyzések szerint IV. Jenő (1431-1447) például igazán nem unatkozott, naponta szembesült időnként egészen különös kérésekkel. A levelek túlnyomó többségében valamit kértek tőle. Akadt olyan a harcmezőn szolgáló katona, aki azért írt a pápának, engedje meg számára, hogy az általa szabadon választott gyóntató őt és kísérőit a csata előtt feloldozza bűnei alól. Egy másik hordozható oltárt igényelt az egyházfőtől. Egy kegyúr a birtokain lévő templomok részére kért kiváltságokat, búcsúkat.
Az avignoni fogság (1309-1377) idején az anyag jelentős része a francia városba került. Megbízható forrás nincs arról, mikor szállították vissza a Vatikánba. Leonard Eugene Boyle, A Survey if the Vatican Archives and of its Medieval Holdings című művében azt írja, hogy erre 1431 előtt kerülhetett sor.
A vatikáni dokumentumok száma jelentősen megugrott a könyvnyomtatás 1453-as feltalálása után. A reneszánsz idején pedig mind nagyobb volt az érdeklődés a kéziratok iránt. 1475-ben IV. Sixtus pápa modern értelemben vett könyvtárat hozott létre, a gyűjteményt jobb körülmények közé helyezte és könyvtárost nevezett ki a humanista Platina személyében. (Ő írta meg az első száz pápa életrajzát.)
Idővel az archívumban kaotikus állapotok kezdtek uralkodni. A „tudós pápa”, XIV. Benedek ezért növelte a munkatársak létszámát. A könyvgyűjtőként ismert olasz főpapot, Giuseppe Garampit bízta meg azzal, hogy rendet tegyen az archívumban, s kezdjék meg az iratok átfogó katalogizálását. Garampi vezetése idején használható katalógus készült: mintegy 600 ezer jegyzéket készített, amelyeket egyes országok, püspökségek, intézmények szerint csoportosított.
Napóleon, Róma elfoglalását követően, elrendelte az archívum Franciaországba szállítását. Az erre vonatkozó parancsot 1809 decemberében kapta meg egy Rómában szolgáló francia tiszt, Sextius Alexandre Francois de Miollis tábornok. Összesen 3239 ládában vitték a több mint 408 tonnányi irathalmazt Franciaországba, de sok dokumentum élte túl a hosszú utat.
Napóleon győzelmi sorozatának aztán vége szakadt, a szövetségesek 1814. március 31-én bevonultak Párizsba. XVIII. Lajos mindössze három héttel később elrendelte: vissza kell szolgáltatni a pápai vagyont. Csakhogy a francia kormány mindössze 60 ezer frankkal segítette a visszaszolgáltatást. A papírtömeg egy jelentéktelennek ítélt részét meg akarták semmisíteni, hogy ne kerüljön olyan horribilis összegbe a szállítás. Ez végül nem történt meg, de komoly károk keletkeztek azokban a dokumentumokban, amelyeket a marseilles-i kikötőből hajón indítottak útnak.
A XIX. század első felében mind erősebbé váltak a nemzeti mozgalmak, ami felértékelte nemcsak a történelemtudományt, hanem a vatikáni archívum jelentőségét is. Ezért egyre többen kérték a Szentszéket arra, tegye lehetővé archívumának kutatását, mert – úgy vélték – az iratanyag segítségével többet tudnak meg saját múltjukról.
Sokáig azonban az archívumot „megközelíthetetlen szentélynek” nevezték. Később azonban a Vatikán is felismerte, a történelemtudománnyal szemben sem tehetik meg azt, hogy az archívum titkait örökre hét lakat alatt őrizzék. Nagy lépésnek számított, hogy a kutatók számára 1881. január 1-jén külön olvasótermet hoztak létre. A kúriában azonban továbbra is sokan féltek a nyitástól. Elsősorban attól tartottak, hogy a protestánsok visszaélhetnek az anyaggal. Az archívum egy részét aztán 1883-ban nyitották meg a kutatók számára, XIII. Leó pápának köszönhetően. A későbbi évtizedekben fokozatosan tették kutathatóvá az egyes pápák alatt keletkezett dokumentumokat.
Ma az archívum ötezer négyzetméteren terül el, két emeleten rejtőznek az anyagok. A kutatáshoz formális írásos engedély szükséges hozzá. A levéltár digitalizálása is zajlik, amely jelenleg 180 terabájt adatot tartalmaz. 2018-ban hétmillió képet digitalizáltak. Ez azonban a teljes anyagnak csak egy töredéke.
A vatikáni dokumentumok előkészítése azért olyan időigényes, s azért telt el egy év azóta, hogy Ferenc pápa bejelentette a dokumentumok hozzáférhetővé tételét, mert a római kúria különböző dikasztériumaiból a levéltárba beérkező iratokat előbb könnyebben kezelhető kisebb kötegekbe csoportosítják és ellenőrzik az ügyiratok sorrendjét, valamint, hogy az egyes címek valóban megfelelnek-e az iktatókönyvekben található adatoknak. Ezt követően bekötik, vagy dobozokban helyezik el az anyagot, majd megszámoznak és lepecsételnek minden egyes dokumentumot — az esetleges lopások kiszűrésére. Az előkészítő munkát tovább nehezíti, hogy a korszakban számos nunciatúra anyaga — mint például a második világháború alatt megszállt országoké (Lengyelország, Lettország, Litvánia, Észtország), vagy később a szovjet fennhatóság alá került közép-kelet-európai államoké — teljesen rendezetlenül került a levéltárba, mert a Szentszék képviselőit egyik napról a másikra utasították ki állomáshelyükről, így jobb híján gyakran csak bőröndjeikben tudták magukkal vinni levéltárukat. Egyes történészek úgy vélik, nagy titkokra ezúttal sem derül majd fény a vatikáni archívumból, a Vatikán pedig azt reméli, az iratok hozzáférhetővé tételével tisztázódik XII. Piusz szerepe.
