Ferenc pápa aligha csodálkozhat azon, hogy újabb fronton indult támadás vele szemben. Ezúttal azonban a teológiai kérdésekben mindenható Hittani Kongregáció volt prefektusa, Gerhard Ludwig Müller támadta őt burkoltan, az a bíboros, aki eddig – nyíltan legalábbis – nem tartozott ellenfelei közé. Gerhard Ludwig Müller közzétette hitbéli kiáltványát, amelyben úgy véli, teológiai kérdésekben egyre nagyobb zavar tapasztalható. A szombatra virradóra, több nyelven, angolul, németül és olaszul az internetre feltett szövegben a bíboros négy oldalon keresztül védelmezi az egyház tanítását. Szerinte az egyház tanítóhivatalának az a feladata, hogy megvédje a híveket azoktól a befolyásoktól, amelyek hitüket gyengítik, illetve elbizonytalanítják őket, s visszataláljanak a régi gyökerekhez.
A Hittani Kongregáció Ferenc pápa által elbocsátott prefektusa szövegében azt írta, Jézus Krisztus közvetített Isten és az emberek között. Kiáltványában megvédte a papi nőtlenség, a cölibátus intézményét. Szerinte az egyháznak nincs joga ahhoz, hogy a papság szentségét nőknek is adományozza, ezért a cölibátus örök. Úgy véli, ha ebben egyesek a nők diszkriminációját látják, az csak azt jelzi, hogy akik ezt feltételezik, nem értik meg a szentség lényegét, nevezetesen nem a földi hatalomról, hanem Krisztus megjelenéséről van szó.
Gerhard Ludwig Müller a korábbi vitákat nem említve ismételten hangoztatta, hogy az elváltak és újraházasodottak, illetve a nem katolikus vallásúak nem részesülhetnek az oltáriszentségben. Bírálta azokat a főpapokat, akik inkább politikusként, mintsem a hit őrzőiként lépnek fel. Ez Ferenc pápának szólhatott, aki szinte minden megnyilatkozásában a menekültek befogadására int. A bíboros antikrisztusi fordulatnak nevezi, ha egy lelkipásztor nem a katolikus igazságot tanítja a híveknek. A bíboros közölte, hogy az egyház több püspöke, papja és laikus tagja kérésére írta a „kinyilatkozás igazságáról szóló nyilvános tanúságtételét, mert lelkipásztorként ez kötelessége az egyházon belül tapasztalható egyre nagyobb zavarodottság miatt”. Felszólítja a katolikusokat, Krisztus útját kövessék, ha követik parancsait, az örök élet vár rájuk. Ha nem, akkor „Isten ellen dönthetnek”.
Vélhetően nem véletlen, hogy Müller bíboros néhány nappal Ferenc pápa és az Al Azhar egyetem főimámja által aláírt dokumentum megszületése után tette közzé felhívását. A katolikus egyház és a muzulmán vallás kapcsolatában mérföldkőnek számító dokumentum megszületését ugyanis komoly fenntartásokkal fogadták a konzervatívok. Ezt jelzi, hogy pénteken Athanasius Schneider, a kazahsztáni Asztana segédpüspöke bírálta a közös katolikus-muzulmán nyilatkozatot. Mint fogalmazott, a kereszténység az egyedüli Isten által akart vallás. A dokumentum szerinte szembe megy az istenemberséggel. A szövegnek elsősorban azt a kitételét támadta, amely vallási, nembéli, nemzeti, etnikai és nyelvi pluralizmust hirdet. Elképzelhető, hogy a következő napokban újabb pápaellenes kiáltványok látnak napvilágot.
A Gerhard Ludwig Müller által írt bírálatnak voltak előzményei. Müllert még 2012-ben honfitársa, XVI. Benedek nevezte ki. Teológiai kérdésekben hasonló álláspontot képviselt a két német főpap. Miután azonban 2013-ban Ferencet választották egyházfőnek, egyre több lett a súrlódás az elődjénél jóval nyitottabb pápa és Müller között. Elsősorban az elváltak és újraházasodottaknak való szentségek kiszolgáltatása terén akadtak nézetkülönbségeik. Müller ugyanis úgy vélte, erre kizárólag akkor van mód, ha az új pár „önmegtartóztató” életvitelt folytat, a pápa azonban nem értett egyet vele. 2014-ben Müller is aláírta azt a dokumentumot, amelyben 13 bíboros aggodalmát fejezte ki az egyházban tapasztalható folyamatok miatt.
Müller volt a felelős a papok által elkövetett szexuális bűncselekmények felderítéséért. 2017 februárjában tagadta a vádat, amely szerint a katolikus egyház megpróbálta eltussolni ezeket az ügyeket. Ám több eset nem éppen kijelentésének igazát erősítette meg. 2017 júliusában feltételezhetően azért váltotta le Ferenc pápa a Hittani Kongregáció éléről, mert úgy vélte, nem lép fel megfelelően a szexuális bűncselekményeket elkövetett papok ellen.
Nagy visszhangot keltett az is, hogy Ferenc pápa – még Müller elbocsátása előtt – menesztette Müller három közvetlen munkatársát. A német főpap egy 2017 májusi interjúban hangot is adott ellenérzéseinek.