Az összeg nagyobb hányadát, mintegy 2,5 milliárd forintot az intézet szakmai tevékenységének fejlesztésére, és további csaknem 400 milliót kutatásra és fejlesztésre költhetnek.
Ebben az intézetben végzik 2015 óta a hazai tüdőátültetéseket, akkor mintegy egy milliárd forintból teremtette meg a kormány a beavatkozás szakmai feltételeit. A Semmelweis Egyetem és az Országos Onkológiai Intézet négy évvel ezelőtt kapott jogosítványt a tüdőtranszplantációk végzésére. Azelőtt a magyar betegeket a bécsi klinikán operálták betegenként 26 millió forintért. Az első hazai tüdőtranszplantációt 2015 decemberében végezték el az osztrák fővárosban képzett magyar orvosok. Azóta mintegy 44 ilyen beavatkozás történt a Semmelweis Egyetem és az Onkológiai Intézet által közösen működtetett mellkassebészeti klinikán. Az operációért az egészségbiztosító körülbelül 20 millió forintot fizet.