Ferenc pápa kemény eljárást tervez azzal a chilei főpappal szemben, aki a feltételezések szerint el akarta tusolni egy pap szexuális bűncselekményét. A Szentszék a legismertebb „nyomozóját" küldte a dél-amerikai államba az ügy feltárására. A Vatikán közlése szerint Charles Scicluna máltai érsek (már Ferenc elődje, XVI. Benedek pápaságának idején is a szexuális visszaélések felgöngyölítésével bízták meg) a dél-amerikai országba utazik, hogy meghallgassa azokat, akik bizonyítékokkal szolgálhatnak Juan Barros chilei püspök visszaélései ügyében.
Barros botránya beárnyékolta Ferenc pápa januári chilei lelkipásztori vizitjét. Akkor ugyanis védelmébe vette osorno püspökét, akinek leváltását már hónapok óta követelik, mert a vádak szerint igyekezett a szőnyeg alá söpörni a Fernando Karadima által elkövetett szexuális visszaéléseket. Ferenc pápa azonban azt mondta, hogy „ezek rágalmak”. (Karadimát még 2011-ben a Szentszék bűnösnek találta ebben a vádban, s életfogytiglanig tartó vezeklésre ítélték.) Az argentin származású katolikus egyházfő azt is mondta, ha akár egyetlen bizonyítékkal alá tudják támasztani a Barros elleni vádakat, fel fog szólalni. Később megbánta a kijelentését, már kétszer is bocsánatot kért emiatt. A dél-amerikai útjáról visszatérve, a repülőgép fedélzetén újságírók előtt elismerte, nem fogalmazott szerencsésen, s szavai „arculcsapás" volt az áldozatoknak. Pápa részéről ilyen önkritikára hasonló ügy kapcsán nemigen volt példa az egyháztörténetben. A pápának azért is kellemetlen az egész botrány, mert Barros püspököt még ő maga nevezte ki 2015-ben Osorno egyházmegye élére, amit már akkor heves tiltakozás kísért Chilében. Karadima áldozatai ugyanis ezt megelőzően is azzal vádolták a főpapot, hogy tudott a visszaélésekről. Ezt a nyomozó hatóságnak is elmondták, s 2015-ben levelet írtak a Vatikánba, a pápa távolítsa el az egyházmegye éléről Barrost. Ferenc azonban kiállt mellette, mert szerinte semmi sem bizonyította a püspök cinkosságát.
Scicluna, a Hittani Kongregáció korábbi munkatársa, jelenlegi la vallettai érsek, valóban elismert szakember: ő érte el, hogy bíróság elé állítsák az egyik legrettegettebb pedofil papot, Marcial Macielt, a Krisztus Légiójának alapítóját. Ezért a máltai főpapot valóságos hősnek tartják a szexuális visszaélések áldozatai.