A zsúfolásig megtelt Sarlós Boldogasszony-székesegyházban tartott szentmise főcelebránsa Erdő Péter bíboros, esztergom-budapesti érsek volt, a szertartáson a Magyar Katolikus Püspöki Konferencia számos tagja mellett részt vett Kövér László, az Országgyűlés elnöke és Balog Zoltán, az emberi erőforrások minisztere is.
A beiktatáson Alberto Bottari de Castello apostoli nuncius olvasta fel majd adta át Székely Jánosnak a kinevezéséről szóló pápai bullát, ezt követően az új megyés püspök hivatalosan is elfoglalta az egy éve megüresedett szombathelyi püspöki széket.
Veres András, a Magyar Katolikus Püspöki Konferencia elnöke, a szombathelyi egyházmegye korábbi püspöke levélben köszöntötte utódját.
Székely János székfoglaló szentbeszédében arról szólt: a papi szolgálat célja, hogy segítsenek eljutni minden jóakaratú embernek a lét forrásához, a teremtő Istenhez, ezért is választotta püspöki jelmondatául Jézus szavait: "Omnes vivunt Ei", vagyis "Mindenki érte él".
Kitért arra is, hogy püspökként legközvetlenebb munkatársait, az egyházmegye papjait, akiket kincseknek nevezett, szeretné megerősíteni, hogy örömteli, hiteles és teljes módon tudják megélni és gyakorolni papi szolgálatukat. Hozzáfűzte: mindent igyekszik majd megtenni a családokért, biztatva őket arra, hogy vállalják a házasság szentségét és bátran mondjanak igent a gyermekáldásra. Hangsúlyozta, hogy továbbra is fokozott figyelemmel kíván fordulni a szegények, a betegek, idősek, a szenvedők és a kitaszítottak felé és erre biztatja az egyházmegye közösségeit és minden hívő embert.
Székely János még beiktatása előtt elmondta: kiemelten fontosnak tartja a hitoktatást, az egyházi iskolákat, valamint azt is, hogy a plébániákon aktív, élő közösségi élet legyen, illetve támogatja és a "Szentlélek ajándékainak" tekinti az egyház által elismert lelkiségi mozgalmakat is, mint például a fokoláre, a cursillo, a karizmatikusok és a cserkészet.
Az új megyés püspök, aki 2015-től a Boldog Ceferino Roma Misszió vezetője a szentmisében saját nyelvükön szólt a megyében élő roma kisebbség tagjaihoz, de saját nyelvükön köszöntötte a német, horvát és szlovén nemzetiség tagjait is, a szentmise végén pedig a pápai és a magyar himnusz mellett felhangzott a cigány himnusz is.
