A rezervátum az egyik leginkább érintetlen mocsár- és lápvidék a Duna mentén, ahol a szigetek és a homokos folyópartok egyaránt jellemzőek. A több mint 176 hektár területet felölelő Bačko Podunavlje bioszféra-rezervátum öt települést, valamint négy tájvédelmi területet foglal magába.
A csaknem egymillió hektáros terület három folyó, a Mura, a Dráva és a Duna mentén terül el, és a kontinensen ritkaságszámba menő jellemzői miatt Európa Amazonasának is hívják. A változatos folyóvízi környezet különleges ártéri élőhelyek és olyan védett állatfajok otthona, mint például a rétisas, a fekete gólya, a cigányréce, a vadmacska vagy a vidra.