A németországi, belgiumi és franciaországi támadások után egyértelmű, hogy a nemzetközi terrorizmus az elmúlt év egyik meghatározó jelensége - mondta, kifejtve: "ma már szinte senki sem kérdőjelezi meg a migrációs hullám és a terrorizmus közötti összefüggéseket". Milos Zeman hivatalba lépése (2013) után közölte: eláll a cseh államfők hagyományos újévi beszédeitől, s helyettük karácsony második napján intéz üzenetet az ország lakosságához. A cseh elnöknek meggyőződése, hogy a migránsoknak alapvetően származási országukban kellene segítséget nyújtani, segíteni kellene Olaszországot és Görögországot is, amelyek területén keresztül a migránsok Európába érkeznek.
A muszlim kultúra "nehezen egyeztethető össze" a cseh kultúrával, s a muszlimok befogadása cseh területre hátországot teremthetne az esetleges terrortámadások számára - mondta. "Ilyen megfontolásból ellenzem (azt a véleményt), hogy jó lenne a következő két évben mintegy 6200 menekültet befogadni Csehországba úgynevezett önkéntes alapon, és hogy erre a célra mintegy 600 millió koronát költsünk" - szögezte le Zeman. A cseh kormány, egyetértésben a visegrádi négyek (Csehország, Lengyelország, Magyarország, Szlovákia) további országaival, elutasítja a migránsok befogadását kötelező kvóták alapján, ahogy azt Brüsszel szorgalmazza.
Ugyanakkor a Bohuslav Sobotka vezette koalíciós kormány úgy döntött, hogy önkéntes alapon befogad néhány ezer menekültet. Milos Zeman élesen bírálta az Európai Bizottságot, amely szerinte bürokratikus, nehézkes testület, s amely egyebek között Európa külső határainak a megvédésére is képtelen.