A razziák egy 2003-as üggyel kapcsolatosak, amely során felszámolták a Jukosz olajkonszernt és alapítóját, Hodorkovszkijt börtönbüntetésre ítélték adóelkerülés és sikkasztás miatt. Az orosz olajmágnás a Moszkva Hangja rádiónak nyilatkozva elítélte a tegnap történteket, a házkutatásokról úgy nyilatkozott, hogy azok a „hatósági delírium utolsó fázisát” jelentik. Az alapítvány alkalmazottainak nincs és nem is lehet köze a Jukosz ügyeihez, hiszen egyikük sem dolgozott a vállalatnak, sőt legtöbbjük abban az időben még gyerek volt. szögezte le.
A 2013 decemberében, több mint tíz év szabadságvesztés után elnöki kegyelemmel, nyolc hónappal korábban szabadult Hodorkovszkij ellen idén december elején emeltek vádat újra két gyilkosság szervezésében való részvétel miatt. A vád szerint még Jukosz elnökként 1998-ban részt vett Vlagyimir Petuhov, a szibériai Nyeftyejuganszk polgármestere elleni és az East Petroleum Handelsgas GmbH ügyvezetője, Jevgenyij Ribin elleni 1999-es merénylet szervezésében. Hodorkovszkij, akárcsak előző büntetőügyeit, ezt is politikai leszámolás kísérletnek tekinti.
A nyeftyejuganszki polgármester meggyilkolásának ügyét ugyanis 2007-ben már jogerősen lezárták, Hodorkovszkij szerint idén júniusban alapítványával szembeni bosszúként vették ismét elő, amiért az beszámolt egy Spanyolországban folyó vizsgálatról, amely az orosz maffia és a Vlagyimir Putyinhoz közel állók feltételezett kapcsolatát vizsgálja. Hodorkovszkij börtönből való szabadulásakor még azt ígérte első nyilvános sajtótájékoztatóján, hogy nem kíván részt venni az orosz politikai életben, mégis mindmáig a Kreml szemében az egyik legveszélyesebb ellenfelének számít. Oroszország egykoron leggazdagabb embere önként vállalt svájci száműzetésében is Putyin fő politikai ellenlábasa maradt, nyíltan bírálja a Kreml politikáját, s jelen viszonyok közepette ő Putyin egyetlen potenciális kihívója.