Szabó Zoltán 1954-ben kezdte pályafutását, 1955 óta foglalkozott szívsebészettel. 1967-ben elkészítette a magyar implantálható pacemakert, amelyet emberbe is beültetett. 1979 és 1985 között a Semmelweis Egyetem orvoskari dékánja volt, három évig az intézmény általános rektorhelyettesi posztját is betöltötte.
1981 decemberében kinevezték az Ér- és Szívsebészeti Klinika, továbbá az Országos Érsebészeti Intézet igazgatójává, valamint az Angiológiai Szakmai Kollégium elnökévé, és tagja lett az Orvostovábbképző Intézet szív- és érsebészeti szakorvosi vizsgabizottságának is. Szabó Zoltán 1981-től 11 éven át volt a Városmajori Klinika igazgatója.
Többéves szervező és tudományos munkát követően, 1992 januárjában Szabó Zoltán végezte el az első sikeres magyarországi szívátültetést. 1992. július 1-jén vonult nyugállományba, és 2004. január 1-jéig a Biotronik Hungária Kft. igazgatója volt.
Szabó Zoltán 1995 óta a Semmelweis Egyetem professor emeritusa volt. Pályafutása során 156 közleménye jelent meg, három könyvet írt és szerkesztett, ötnek társszerzője volt. Tevékenységét számos elismeréssel díjazták: Adorján Ferenc-, Balassa János-, Gábor György-, Semmelweis Ignác- és Zárdai Imre-emlékérmet kapott. A Magyar Köztársasági Érdemrend Középkeresztje a csillaggal kitüntetésben és Batthyány-Strattmann László-díjban részesült, 1997-ben Széchenyi-díjat kapott - közölte az egyetem.
Szabó Zoltán professzor hosszan tartó, súlyos betegség után vasárnap délután hunyt el.