A belügyminiszter utasítása alapján a feladatok összehangolt végrehajtásának támogatása érdekében hétfő reggel 8 órakor alakul meg a feladatok végrehajtását koordináló Központi Operatív Törzs. Azt - a belügyminiszter irányítása mellett - az országos rendőrfőkapitány által az Országos Rendőr-főkapitányság hivatásos állományából kijelölt vezető beosztást betöltő személy vezeti. A Központi Operatív Törzs 24 órás folyamatos munkarendben működik.
Az operatív törzs szakmai javaslattevő, valamint a feladatok végrehajtásának összehangolásában részt vevő szervként működik, ennek során végzi a szükséges operatív döntések előkészítését, javaslatot tesz a döntések végrehajtására, figyelemmel kíséri a döntések végrehajtását. Részt vesz a migrációs helyzet vagy - elrendelése esetén - a tömeges bevándorlás okozta válsághelyzet kezelésébe bevont erők és a közreműködő szervezetek tevékenységének összehangolásában.
A szerv a vezetője, a parancsnok útján tájékoztatja a belügyminisztert a kialakult helyzetről, a megtett intézkedésekről, a bevont erőkről és eszközökről, valamint a migrációs helyzet vagy - elrendelése esetén - a tömeges bevándorlás okozta válsághelyzet kezelésével kapcsolatos további javaslatokról. Továbbá a szerv elemzi és értékeli a kialakult helyzetet, a központi és területi szintű intézkedések bevezetésével kapcsolatos információkat.
A parancsnok vagy szolgálatban lévő helyettese naponta kétszer: 8 és 18 órakor jelentést tesz a belügyminiszternek a válsághelyzettel kapcsolatos statisztikai adatokról, a válsághelyzet kezelését érintő lényeges körülményekről, eseményekről, változásokról, a bekövetkezett rendkívüli eseményekről, az esetlegesen felsővezetői döntést igénylő kérdésekről, valamint a belügyminiszter által meghatározott további adatokról.
A Központi Operatív Törzs kijelölt szakemberekből álló állománnyal működik. Tagjai a rendőrség, a Bevándorlási és Állampolgársági Hivatal, a büntetés-végrehajtási szervezet, az Alkotmányvédelmi Hivatal, a Terrorelhárítási Központ, valamint az Országos Katasztrófavédelmi Főigazgatóság állományából kerülnek ki.
Az operatív törzs működésében való részvételre a parancsnok felkérheti közigazgatási szervek vezetőit vagy gazdálkodó szervezetek vezető tisztségviselőit, valamint a válsághelyzet kezelésében részt vevő humanitárius, karitatív szervezet vezetőjét.