Az 51 éves jogászt január 18-án találták meg az otthonában. A fürdőszobában feküdt, egy golyóval a fejében. A lakást belülről zárták be, behatolásnak nem volt nyoma. A szakértői vizsgálat megállapításai szerint a főügyész kezén nem találtak lőpornyomot, sem olyan izommozgásra utaló jelet, amely azt mutatta volna, hogy saját kezűleg húzta meg a ravaszt. A lövés hátulról érte, a holttestet pedig elmozdították. A jelentés szerint hamisak azok az állítások, miszerint a főügyész részeg lett volna. A bírónő azt is elmondta, hogy a jelek arra utalnak, hogy férje nem halt meg azonnal, hanem hosszan agonizált.
A főügyész négy nappal korábban jelentette be, hogy vádemelésre készül az argentin elnöknő, Cristina Fernández de Kirchner, illetve a külügyminiszter elleni, mivel vizsgálatai szerint ők akadályozták meg a bűnösök felelősségrevonását Argentína történetének legsúlyosabb terrortámadása ügyében. A Buenos Aires-i zsidó közösségi háznál a libanoni Hezbollah emberei robbantottak, feltehetőleg iráni megbízásból és támogatással, 85 ember veszítette életét. Az argentin kormány egy Teheránnal tető alá hozott, kedvező kereskedelmi megállapodás kedvéért eltekintett a bűnösök felelősségrevonásától. Halála másnapján készült a főügyész a parlamentben bemutatni 350 oldalas jelentését és ismertetni bizonyítékait.
Arroyo Salgado bírónő közölte, hogy a jelentést a Nisman utódául kinevezett új főügyész és az ügyben eljáró bíró asztalára is letették. Bár az új főügyész, egyébként Nisman régi barátja, is úgy ítélte meg a dokumentumok alapján, hogy indokolt lenne a vádemelés, az argentin legfelsőbb bíróság az erre vonatkozó indítványt elvetette, felmentve az államfőt a felelősség alól.
