Nem sokkal az Európai Bizottság 2014. november elsején történt beiktatása után robbant a bomba. Kiderült ugyanis, hogy Juncker miniszterelnökségének idején más államokból Luxemburgba csábítottak át cégeket, ahol rendkívül alacsony, egy-két százalékos adót kellett fizetniük. A gond csak az volt, hogy az adott cégek nem a miniállamban végezték tevékenységüket, hanem csak itt jegyeztették be őket. Ilyen volt például az internetes kereskedő hálózat, az Amazon. Bár a cég megrendeléseinek többségét aligha Luxemburgból kapta, egy a helyi kormánnyal kötött megállapodásnak köszönhetően szintén itt adózott. Ebben az ügyben az volt különösen kínos: Joaquin Almunia, az EU volt versenyjogi biztosa egy 23 oldalas leiratában azt állapította meg, hogy az internetes hálózat „nem megalapozott” előnyökre tett szert.
Az Európai Bizottság elnöke később a Financial Timesnak adott interjújában sajnálkozását fejezte ki a történtek miatt, azt közölte, nem az volt a céljuk, hogy elszipkázzák más államok elől az adóbevételeket, s nem is lobbiztak ezért soha. Mint akkor fogalmazott, a luxemburgi adópolitikával pusztán azt kívánták elérni, hogy jövő orientált külföldi cégeket csábítsanak az országba, mert a gazdaság túlontúl függővé vált a monolit bankrendszertől. Juncker azonban utólag úgy látja, hogy kormányának szigorúbban kellett volna ellenőriznie a nagyvállalatokkal kötött megállapodásokat. A jelenlegi bizottsági elnök egyébként 18 éven keresztül állt hazája kormányának élén, s a pénzügyminisztériumot is ő vezette.
Az eset után november közepén az euroszkeptikus pártok bizalmatlansági indítványt nyújtottak be az EP-ben az Európai Bizottság ellen, ezt azonban elutasították. Az ügynek azonban nincs vége, s a Spiegel azt sem tartja kizártnak, hogy a Lux Leaks az EP-beli néppárti-szociáldemokrata nagykoalíció szakítópróbája lesz. A parlamentben ugyanis 194-en javasolták, hogy hozzanak létre parlamenti vizsgálóbizottságot, s az aláírók között az Európai Néppárt tagjai is voltak, egyebek mellett a német kereszténydemokraták és keresztényszocialisták 17 képviselője. A Spiegel ezt az Európai Néppárt német frakcióvezetője, Manfred Weber elleni nyílt támadásként értékelte. Annál is inkább, mert a keresztényszocialista politikus eddig minden erejével azon volt, hogy megakadályozza a vizsgálóbizottság létrejöttét.
A hamburgi hetilap szerint az EP képviselők belső levelezése is komoly belső megosztottságra utal. Hertbert Reul, a CDU/CSU delegációvezetője szerint azért veszélyesek ezek a partizánakciók, mert a teljes német küldöttség szavahihetősége is veszélybe kerül. „A szavazásokhoz mindenkinek tartania kell magát, a kivételt csak a lelkiismereti kérdések jelenthetik” – figyelmeztetett Reul.
A delegációvezetőt különösen bosszantotta, hogy az egyik képviselő, Werner Langen nyíltan is dicsérte a Junckerrel szembeni vizsgálatot. „Kedves Werner! A sajtónyilatkozatod haszontalan és káros, mert a saját csapatod ellen irányul” – írta köremailjében az EP külügyi bizottságának elnöke, Elmar Brok, Manfred Weber és Juncker bizalmasa. Langen erre azzal válaszolt, hogy az uniópártok megbeszélése során sem titkolta véleményét: „Talán többször részt kellene venned ezeken, vagy legalább nem ártana elolvasnod az ezekről készült összefoglalókat”. Még azt is hozzáfűzte, hogy „te, a német csoport legtapasztaltabb csapatjátékosa, biztosan remekül meg tudod ítélni, mi a ’haszontalan’ és ’káros’, hiszen mindig mintapéldája voltál az igazságosságnak és átláthatóságnak”. Ez erős irónia volt részéről, mivel Brokot erőteljes hatalmi ambícióiról ismerik.
Mint a Spiegel megjegyzi, az Európai Néppárton belül is úgy vélik, hogy Juncker szavahihetőségén és tekintélyén csorba esett a luxemburgi adómegállapodások miatt. Ráadásul, ha vizsgálóbizottság jönne létre, az még hosszú ideig a felszínen tartaná az egész ügyet, ami nemcsak Juncker, az Európai Bizottság, az Európai Parlament, s a teljes Európai Unió megítélését is negatívan befolyásolná. Weber ezért arra próbálta meg rávenni az Európai Néppárt szóban forgó képviselőit, változtassák meg véleményüket. Erre azonban eddig semmilyen hajlandóságot sem mutattak. A „lázadók” egyik tagja, a keresztényszocialista Markus Ferber kijelentette, senki sem akar ártani Junckernek, de azt tartaná tanácsosnak, ha éppen az Európai Néppárt kezdeményezné a vizsgálatot, hiszen így meg tudja védeni magát az esetleges támadásoktól.
Bár az EP-ben az néppártiak nagykoalíciót alkotnak a szociáldemokratákkal, Martin Schulz, az Európai Parlament elnöke, Juncker legfontosabb szociáldemokrata szövetségese is úgy véli, nem lehet megakadályozni egy vizsgálatot. Ugyanakkor a frakcióvezetők egy januári tanácskozásán még a döntés elhalasztása mellett döntött, jogi aggályok miatt. A Spiegel Online-nak elmondta, összejöttek a szükséges aláírások egy vizsgálóbizottság felállításához, így a frakcióvezetők következő, február 4-én esedékes ülésén meg is teszi a szükséges lépéseket. Mint mondta, a cél az, hogy kiderüljön, egyes cégek kaptak-e tiltott támogatást, illetve fel kell tárni, kik a felelősei ennek. „Fontosnak tartom továbbá azt is, hogy az Európai Unió végre tegyen hatékony lépéseket az adóelkerülés ellen. Nyilvánvaló, hogy ez a téma messze túlmegy Luxemburg határain” – közölte az EP elnöke.
Schulz az interjúban hozzátette, személyesen is közölte Junckerrel, hogy a cégeknek nyújtott támogatások ügye „nem a barátság kérdése. Ha ő is komolyan gondolja, hogy lépéseket kell tenni az adóelkerüléssel szemben, együtt kell működnie a vizsgálóbizottsággal” – fejtette ki.