A félelem abból adódik, hogy a minisztériumi bértábla szerint 30-40 százalékkal alacsonyabb a dolgozók jövedelme, mint a háttérintézményeknél, főként mert alacsonyabb mértékű béren kívüli juttatásokat kapnak. Ennek ellenére a fluktuáció a 10 százalékot sem érte el.
Az EUTAF javasolta, hogy változtassanak a minisztériumok belső szabályzatán. Csepreghy Nándor azonban azt állítja, hogy a független szervezet javaslatának végrehajtása "csak technikai kérdés", és a 2100 fős régi-új állomány készen áll, mind a 2007-2013-as ciklus lezárására, mind a 2014-2020-as előkészítésére. Hozzáfűzte még, hogy már a vizsgálat idején folyamatban volt a kritikákat taglaló 60 oldalas dokumentumban foglaltak megvalósítása. A helyettes államtitkár abban reménykedik, hogy Brüsszel megfelelőnek találja majd a magyar intézményrendszert, így semmilyen akadálya nem lesz a további kifizetéseknek.
Arról azonban hallgatott Csepreghy Nándor, hogy korábban félrevezette a magyar közvéleményt, ugyanis tévesen állította, hogy Magyarország április 15-e után keletkezett számlákat küldött Brüsszelnek. A számlákat ugyanis a Magyar Államkincstár visszatartotta, de nem politikai utasításra - elvégre ez egy ezermilliárd forintokkal gazdálkodó intézmény -, hanem a késlekedés a normális ügymenet része volt, ugyanis olyan számlákat, amelyről Brüsszel jelezte, hogy nem fogadja be, kockázatosnak tartották elküldeni, mert tisztában voltak azzal, hog az uniós intézmény úgy is visszaküldi.
Az Orbán-kormány most azt kockáztatja, hogy az előző, 2007-2013-as uniós programozási időszakban az összesen elkölthető 8000 milliárd forintból még hátralevő 2000 milliárd forint lehívása késlekedhet, esetleg egy része elveszhet. (Ebből a ciklusból 2015 végéig lehet még pénzeket felhasználni.) A kormány által teremtett zűrzavaros helyzet miatt az új ciklusra való felkészülés is nehezebbé válhat.
