Morszi pere novemberben kezdődött el, valójában azonban a bíró rögtön elnapolta a tárgyalást, mert kaotikus jelenetek játszódtak le a teremben. A leváltott államfő elleni vádpontok azóta tovább bővültek. Morszi és a Muzulmán Testvériség 14 magas rangú tagja ellen azért indult büntetőper, mert 2012. december 5-én parancsot adtak iszlamista híveiknek, hogy támadják meg a sebtiben elfogadott alkotmány elleni békés tüntetőket az elnöki palota előtt.
Az összecsapásokban tízen vesztették életüket. Másodjára kémkedéssel, és dzsihádista szervezetek segítségével elkövetett terrorcselekmények elkövetésével vádolták meg az államfőt. Míg a harmadik eljárás amiatt indult, mert 129 emberrel egyetemben - köztük a palesztin Hamász, és a libanoni síita Hezbollah fegyveres szervezetek tagjaival - foglyokat szöktettek meg a 2011-es forradalom kitörése utáni zűrzavarban rendőrök elrablása, vagy meggyilkolása mellett.
A Muzulmán Testvériség hívei rendszeresen tüntetnek Morszi mellett. Múlt pénteken 11 személy vesztette életét a megmozdulás résztvevői, valamint a rendőrség közötti összecsapásokban.