E szerint a volt államfő (2019-2022) „teljes mértékben tisztában volt” azzal, hogy összeesküvést szőttek Lula ellen, amelynek végső célja az új elnök meggyilkolása volt – szerepel a több mint 800 oldalas jelentésben, amely Bolsonaro és 36 másik személy, főként katonatisztek ellen vádemelést indítványoz.
A nyomozók szerint a puccs terve azért vallott kudarcot, mert a brazil hadsereg főparancsnoksága nem támogatta azt. A legfelsőbb bíróság továbbította a jelentést Paulo Gonet főügyésznek. Ő dönt majd arról, hogy vádat emel-e Bolsonaro ellen és bíróság elé állítja, vagy lezárja a nyomozást.
A volt elnök rendre ártatlanságát hangoztatta, és többször azt állította, politikai lejáratóhadjárat áldozata. „Az államcsíny kifejezés soha nem szerepelt a szótáramban” – jelentette ki egy hétfői sajtótájékoztatón. „Tegyük fel, hogy ilyen őrültséget tennék. Hogy nézne ki Brazília másnap? Ezt senki sem akarja” – fejtette ki.
Múlt héten a kiterjedt nyomozással összefüggésben egy rendőrségi akcióban letartóztattak négy katonát és egy rendőrt, akiket a Zöld-sárga tőr nevű hadművelet tervének kidolgozásával gyanúsítanak. A cél Lula, az általa megválasztott alelnök, Geraldo Alckmin és Alexandre de Moraes legfelsőbb bírósági bíró meggyilkolása volt.
2023. január 8-án a Lula választási győzelmét elismerni nem hajlandó Bolsonaro támogatói megrohamozták a kongresszust, a kormány székhelyét és a legfelsőbb bíróság épületét, jelentős károkat okozva ezzel.
Bolsonaro ellen egy sor eljárás folyik. A rendőrség azzal is vádolja, hogy saját hasznára illegálisan eladta azokat az ékszereket és luxusórákat, amelyeket hivatali ideje alatt hivatalos ajándékként kapott Szaúd-Arábiától. Bolsonaro mindig is tagadta a vádakat. A nyomozók szerint a járvány idején saját maga, családtagjai és alkalmazottai számára is hamisíttatott oltási bizonyítványokat. A közhivatalok gyakorlásától 2030-ig eltiltották.