A bíróság bűnszövetkezetben való részvételben, terrorcselekmény előkészítésében, több személy elleni gyilkossági kísérletben, tiltott fegyverviselés és más tulajdonának szándékos megsemmisítésében találta bűnösnek. 2002. október 23-án este negyven, az orosz csapatok Csecsenföldről való kivonását követelő álarcos fegyveres 914 embert ejtett túszul a színházban. A kiszabadításukra október 26-án hajnalban indított kommandós akcióban 130 civil és 40 terrorista vesztette életét. November elején Samil Baszajev csecsen hadúr közölte, hogy ő állt a túszejtés hátterében.
A rohamegységek kábító gázt vetettek be, majd elfoglalták a színházat. Az áldozatok közül sokak halálát gázmérgezés okozta. A civil halottak hozzátartozói és a túlélők közül sokan továbbra sem fogadják el a túszszabadító akcióra adott hivatalos magyarázatot.
Az orosz hatóságok szerint Zakajev mellett a 2006-ban titkosszolgálati akció során Ingusföldön megölt Baszajev, és a még mindig körözés alatt álló Gerihan Dudajev szervezte meg a moszkvai terrorakciót. Zakajevet 2014-ben fogták el, amikor hamis iratokkal megpróbált Ukrajna felől bejutni a Krím félszigetre.
A vád szerint Zakajev felelt a fegyverek, a házilag összeszerelt pokolgépek és robbanóövek Moszkvába szállításáért. Ezeket ő és Dudajev osztotta el a terroristák által bérelt moszkvai lakásokban. Az ügyészség 23 évi szabadságvesztés kiszabását kérte, és támogatásáról biztosította a Zakajevvel szemben polgári peres eljárások keretében támasztott, csaknem 100 millió rubeles (mintegy félmilliárd forintos) kártérítési igényt. A tárgyalás során az elítélt azt állította, nem tudta, hogy mi volt a rendeltetése az általa szállított fegyvereknek és csak részben ismerte el a bűnösségét. 2003 és 2007 között a dubrovkai terrorakcióval összefüggésben hat embert ítéltek nyolc és fél évtől 22 évig terjedő szabadságvesztésre.