Alexander Dubček 1992. november 7-én halt meg, a hivatalos verzió szerint egy néhány héttel korábbi autóbalesetben elszenvedett sérülései következtében. A baleset a Pozsony-Prága vonalon történt, Humpolec mellett.
Dubček fia a mai napig kételkedik abban, hogy az apja halálát csak a tragikus baleset okozta volna. Pavol Dubček elmondta: nem volt elégedett a balesetet követő nyomozás eredményével. Állítása szerint az autót, melyben Dubček utazott, a BMW autógyártó vállalat is átvizsgálta volna, a vizsgálatot azonban nem engedélyezték. Hozzátette: azon az autópályaszakaszon, ahol a baleset történt, sokkal gyorsabban is lehet haladni. Az apja gépkocsija a vizsgálat szerint 110 km/órával ment. Pavol Dubček szerint ilyen sebességnél nem szabadott volna bekövetkeznie a tragédiának
