Közben azonban Pétezt már a guatemalai ügyészség, valamint az ENSZ is azzal vádolja, hogy egy öttagú korrupciós hálózat élén áll az elnök. A vádak szerint több millió dolláros vámot engedtek el az elnök által fémjelzett társaság számára – jelentős kenőpénz fejében.
Heteken át tüntettek az államfővel szemben. Pérez Molina már nem marad sokáig hatalmon, mert a szeptember 6-ra kiírt választásokon már nem indulhat. Ugyanakkor az elnök ragaszkodni kíván ahhoz, hogy kitöltse januárig szóló mandátumát.
Pérez Molina egykor parancsnokként vett részt a polgárháborúban, a baloldali gerillák és parasztok elleni háborúban, amelyben legalább negyedmillió embert gyilkoltak meg, egymillióan menekültek el Guatemalából. A volt tábornokot ugyanakkor a hadsereg progresszív szárnyához sorolták, s része volt az 1996-os békemegállapodás tető alá hozásában.