A tárca szerint első és másodfokon két egymásnak ellentmondó ítélet született. Ugyanis a Fővárosi Törvényszék az elsőfokú ítéletet megváltoztatva, jogerősen érvénytelenné nyilvánította a magyar állam és a Mezővidék Bt. közötti földhaszonbérleti szerződést. Ezzel helyt adott a Kishantosi Vidékfejlesztési Központ Nonprofit Közhasznú Kft. keresetének, mert szerintük a nyertes pályázó nem felelt meg a pályázati feltételeknek, azaz nem indulhatott volna az eddig a biogazdaság bérelte földekre kiírt pályázaton. A Vidékfejlesztési Központ további három kereseténél új eljárás lefolytatására kötelezte az elsőfokú bíróságot a törvényszék.
Ennek ellenére a minisztérium azt állítja, hogy a kft. jogellenes magatartása okán indult birtokvédelmi perek mindegyike az állam számára kedvező ítélettel zárult.
A kishantosi biogazdaság erre válaszolva kifejtette, az FM ismét valótlanságokat és csúsztatásokat állított közleményében. A minisztérium állításával szemben a Kft. indított pereket az NFA és a minisztérium ellen. Ezek egy része még nem zárult le, amelyek pedig igen, azokban a bíróság jogerősen elutasította az új bérlők keresetét.
A Vidékfejlesztési Központ állítja, a törvények értelmében meg kellett volna nyerniük a földbérleti pályázatokat. A különleges rendeltetésű, a környezetbarát mezőgazdaság oktatása, kutatása, bemutatása céljára használt területeket művelőknek előnyt kellett volna élvezni az elbírálásnál, az ökológiai gazdálkodást, az oktatást az Alaptörvény és az NFA működését szabályozó törvény alapján fenn kellett volna tartani. A kishantosi biogazdaság 452 hektárjára a valódi helyi gazdák túlnyomó része nem is pályázott, mert tiszteletben tartották az őket segítő intézmény tevékenységét.
A minisztérium felhívta a figyelmet, hogy a június 17-i jogerős ítélet természetesen nem érinti biogazdaság lejárt szerződését. Ezt soha nem is állította a nonprofit társaság - írják közleményükben -, hiszen ebben a perben a kishantosi földekre kiírt pályázatokról és pályázati döntésekről, valamint az azok alapján megkötött új szerződésekről van szó.