A német kancellár számára az adhat okot aggodalomra, hogy az Európai Bizottság új, piramisszerűen felépített struktúrája miatt Juncker minden korábbinál erősebb bizottsági elnök lehet. Hírek szerint a volt luxemburgi miniszterelnök az Európai Parlament elnökével, Martin Schulz-cal is egyetértésre jutott arról, hogy a Bizottságnak erősebbé kell válnia a tagállamokkal, illetve az Európai Tanáccsal szemben.
Juncker azt nehezményezhette Berlin részéről, hogy Günther Oettinger leköszönő energiaügyi biztos nemet mondott a bizottsági elnök azon felajánlására, amely szerint fogadja el az egyikalelnöki tisztséget. A német biztos egy beszélgetésükön állítólag azt mondta, nem óhajt „reggeli-igazgató” lenni. Az alelnökök fontos szerepet játszanak az EB átalakításában. Oettinger az új testületben a digitális gazdaságért felel.