A volt főbírónak azzal szüntették meg - a 2009-től hat ére szóló - jogviszonyát, hogy az új Alaptörvény hatályba lépésével a Legfelsőbb Bíróság megszűnt, és annak helybe a Kúria lépett. Az alkotmányerejű törvénykezés pedig nem tette lehetővé, hogy Baka András bíróság előtt keressen jogorvoslatot. "Eltávolításommal a jogállam sérült" - mondta korábban Baka, aki szerint jogellenes lépés oka egyértelműen az volt, hogy szót emelt a jogállamiság védelmében.
A Fidesz egyébként többször is megtette, hogy az összeférhetetlenségi szabályok enyhítésével valakit hivatalba segített, másokat viszont megbüntetett. Baka András ez utóbbiak közé tartozott. Részben azért, mert az új alaptörvényt folyamatosan bírálta, ahogy a 2006. őszi eseményekkel kapcsolatos semmisségi törvényt is, és ellenezte a büntetőeljárási törvény módosításait. Bírálatait egy ízben úgy összegezte: "ami Magyarországon történik, az Európában hosszabb távon nem maradhat következmények nélkül".
Szót emelt az igazságügyi reformcsomag, illetve a bírák kötelező nyugdíjazása ellen, sőt az Európai Uniónak küldött nyílt levelet kezdeményezett, amelyben "a demokratikus jogállam alapelveivel ellentétesnek" nevezte a Fidesz tervezetét. A korábbi főbírónak azért kellett posztjáról jóval mandátuma kitöltése előtt mennie, mert az LB-t Kúriává nevezték át, és megbízatását 2011 végével lejártnak mondta ki a törvény. Baka ezután korábbi munkahelyén, a strasbourgi emberi jogi bíróságon kereste az igazát.
A strasbourgi döntésre reagálva közleményt adott ki a Magyar Helsinki Bizottság, megállapítva, hogy az ítélet igazolja az Eötvös Károly Intézet, a Magyar Helsinki Bizottság és a Társaság a Szabadságjogokért többször kifejtett aggályait a bírói függetlenséget sértő lépéssel kapcsolatban. Az Emberi Jogok Európai Bírósága is kimondta, hogy Baka megbízatásának idő előtti megszüntetése sérti a tisztességes eljáráshoz való jogot, mert a megbízatását megszüntető döntés ellen nem állt rendelkezésre jogorvoslat. Az ítélet igazat adott továbbá Bakának abban is, hogy megbízatását valójában az egyes jogalkotási lépéseket kritizáló véleménye miatt szüntették meg, nem a LB-t érintő átszervezés miatt. Így sérült Baka András véleménynyilvánításához való joga is - hívta fel a figyelmet az emberi jogi bíróság.
A Magyar Helsinki Bizottság emlékeztetett, hogy az Európai Bíróság alig három hete mondta ki, az adatvédelmi biztosi intézmény és Jóri András megbízatásának idő előtti megszüntetésével Magyarország megsértette az Európai Unió jogrendjét. A mai döntés újabb bizonyíték arra, hogy a "közjogi forradalom" tartalma és módszerei, jelesül Magyarország Alaptörvényének egy-egy rendelkezése nem felel meg az európai követelményrendszernek - tették hozzá.