Politkovszkaját Moszkva külvárosában ez lakóépület előtt lőtték agyon. Írásaiban egyebek mellett részletesen beszámolt a csecsenföldi háborúban elkövetett emberi jogsértésekről. A gyilkosság miatt három csecsen testvért, nagybátyjukat, valamint egy korábbi moszkvai rendőrtisztet állítottak bíróság elé.
A vallomások szerint a gyilkos lövést Rusztam Mahmudov adta le. Testvérei, valamint a többi vádlott segített neki a merénylet megtervezésében és végrehajtásában. Ibragim és Dsabrail Mahmudovot, valamint a volt rendőr Szergej Hadzsikurbanovot az előző, 2009-ben zárult bírósági eljárásban felmentették. 2010-ben azonban az orosz legfelsőbb bíróság új per indítását rendelte el.
2012 végén a volt rendőr Dmitrij Pavljucsenkovot 11 éves börtönre ítélték az eset kapcsán, miután megegyezett az ügyészséggel.